一、应用RAPD技术鉴别微生态菌种（论文文献综述）
袁磊[1]（2020）在《原料奶中嗜冷菌的潜在危害研究 ——基于腐败特性及其生物被膜形成的角度》文中研究说明牛奶因具有极高的营养价值而深受消费者喜爱,但同时也为微生物的生长代谢提供了良好的介质。低温冷链技术能抑制原料奶中微生物的生长,而嗜冷菌在低温下仍能生长繁殖,并逐渐演变成原料奶中的优势菌群。目前,嗜冷菌的分泌耐热腐败酶能力和生物被膜形成能力是制约乳制品行业发展的两大重要因素。虽然嗜冷菌经常规热处理后能被杀死,但嗜冷菌所分泌的耐热腐败酶仍有酶活残留,进而影响乳制品的品质和货架期。生物被膜对乳品行业的危害主要有:食源性疾病的传播、乳制品的腐败变质、对加工设备的损耗及能耗的升高。本论文对我国16个地区/牧场采集的原料奶样品中的嗜冷菌进行分离鉴定,分别从产腐败酶和生物被膜形成两个方面探讨嗜冷菌对乳品工业的潜在危害。同时,探究AHLs信号分子对嗜冷菌生长代谢、分泌腐败酶以及生物被膜形成的调控机制。采用分离培养结合RAPD-PCR技术,将16个地区/牧场的原料奶样品中的480株嗜冷菌聚类成85个RAPD组,且经16S rRNA鉴定后发现优势菌属依次为假单胞菌属（58.8%）、不动杆菌属（13.3%）、黄杆菌属（6.0%）、鞘氨醇杆菌属（4.2%）和沙雷氏菌属（3.1%）;而在种水平上的优势菌种为Pseudomonas fluorescens（15.8%）、Pseudomonas fragi（7.1%）、Pseudomonas psychrophila（5.4%）、Acinetobacter johnsonii（5%）、Pseudomonas putida（4.6%）和 Pseudomonas azotoformans（3.8%）。同种、不同株的嗜冷菌（如P.fluorescens,P.fragi,P.psychrophila等）RAPD分子指纹图谱存在种内差异。此外,Acinetobacter harbinensis,Acinetobacter oryzae等嗜冷菌首次在原料奶中被分离鉴定到。假单胞菌属、不动杆菌属、黄杆菌属、产吲哚金黄杆菌属、沙雷氏菌属和产气单胞菌属不仅是原料奶中的优势菌属,也是重要的产腐败酶来源,它们在室温和低温下都有较强的产腐败酶的能力。大多数蛋白酶和脂肪酶经热处理（70℃、80℃和90℃）后仍有酶活残留,代表性嗜冷菌株所分泌的蛋白酶和脂肪酶的酶灭活热力学参数也证实这些酶具有较高的热稳定性。嗜冷菌产腐败酶是一个依赖于生长温度的过程,生长温度对其分泌腐败酶的能力影响显着,但对腐败酶的耐热性并无显着影响。大多数嗜冷菌在低温下（7℃）具有生物被膜形成能力（OD595值的范围为0.087-1.324）,72个RAPD组中有25株、10株和19株菌分别呈弱、中等和强生物被膜形成能力,且假单胞菌属菌株的生物被膜形成能力显着强于其它属的菌株。不同培养基对嗜冷菌生物被膜的形成有影响,与脱脂牛奶相比（1.04-6.1 log CFU/cm2）,嗜冷菌在TSB中更容易在不锈钢表面形成生物被膜（1.15-6.63 log CFU/cm2）。96孔板法和不锈钢片表面吸附法这两种方法之间呈现出中等相关性（r=0.42）,证明采用这两种方法评估微生物生物被膜形成的可靠性。嗜冷菌的生物被膜形成能力存在异质性,即同种、不同株的嗜冷菌形成生物被膜的能力存在差异。嗜冷菌之间的相互作用对生物被膜的形成和消毒剂的抗性影响显着。Pseudomonas libanensis 能提高 Chryseobacterium oncorhynchi 和 Aeromonas hydrophila生物被膜的形成能力,且P.libanensis与C.oncorhynchi呈协同效应关系。与单一菌落形成的生物被膜相比,二元混合菌生物被膜模型（P.libanessis+A.hydrophila、P.libanesnsi+C.oncorhynchi）对过氧乙酸、过氧化氢和次氯酸钠这三种消毒剂抗性均显着提高。过氧乙酸对单菌、混合菌形成的生物被膜清除率最高,其次为过氧化氢和次氯酸钠。平板计数法和CLSM观察分析法均能有效评估不同消毒剂处理对生物被膜的影响,这两种方法间相关性好。采用报告平板法筛选能产AHLs信号分子的嗜冷菌,阳性检出率为71.43%;进一步使用LC-MS鉴定代表菌株P.azotoformans（a）和Serrita liquefaciens产AHLs 的种类,发现P.azotoformans（a）产 C6-HSL,而 S.liquefaciens 产 C8-HSL。外源性添加 C6-HSL 和 C8-HSL 对 P.azotoformans（a）和 S.liquefaciens的生长、分泌腐败酶以及生物被膜的形成均有显着的促进作用。外源性添加C6-HSL和C8-HSL也加速P.azotoformans（a）和S.liquefaciens对牛奶的腐败作用,其中牛奶的粒径大小显着增大、牛奶中的酸性风味物质显着增加。转录组学的研究结果发现,外源性添加AHLs能显着调控P.azotoformans（a）和S.liquefaciens这两株菌相关基因的表达,且上调基因明显多于下调基因。AHLs对这两株菌在生长代谢、产腐败酶和生物被膜形成这三大方面均起到调控作用。编码与细菌生长代谢密切相关的基因（核糖体、氧化磷酸化、糖酵解、TCA循环、蛋白质转运、氨基酸代谢、脂肪酸代谢、嘌呤代谢、抗胁迫等）上调后,促进细菌的生长代谢,并导致环境中菌液的浓度更高;环境中菌液浓度的升高加速细菌生物被膜的形成,此外,编码与生物被膜形成（主要为细菌鞭毛结构）密切相关的基因上调后,细菌的生物被膜形成能力提高;环境中菌液浓度的升高也会提高环境中腐败酶的总量,且编码与分泌腐败酶相关的基因上调后也会提高细菌产腐败的能力。此外,AHLs对菌株的调控作用呈现出信号分子种类、菌株的依赖性,即不同AHLs对不同株菌的基因和具体的代谢途径的调控作用存在差异。
张玉律[2]（2019）在《鼠李糖乳杆菌生长代谢特性与多位点序列分型的相关性研究》文中研究表明益生菌具有抵抗肠道感染、改善乳糖代谢、降低血清胆固醇、改善免疫功能、缓解肠炎症等诸多益生作用,而益生菌赋予的健康益处是菌株特异性的。乳杆菌是最常使用的益生菌,其中鼠李糖乳杆菌（Lactobacillus rhamnosus）是国家认可的可以应用于食品中的益生菌,在食品保健和医药学领域有着广泛的应用。本文从生长特性、代谢特性和多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing,MLST）三个方面研究了 12株鼠李糖乳杆菌的分类情况,为鼠李糖乳杆菌的菌株特异性研究及其在食品发酵工业上的应用提供依据。（1）基于生长曲线数据,研究12株鼠李糖乳杆菌分别在葡萄糖、乳糖和蔗糖作为主要碳源时的生长特性。利用特定时间点的差异分析,在葡萄糖作为主要碳源时,各菌株之间的生长情况均没有显着差异（P>0.05）。在乳糖作为主要碳源时,可将12株鼠李糖乳杆菌分为4个生长型:CRL1505;SP1;LV108;剩余9株菌属于同一个生长型。在蔗糖作为主要碳源时,可将12株菌分为5个生长型:CRL1505;grx19;LV108;LYO;剩余8株菌属于同一个生长型。基于所有193个时间点下各菌株的OD600 nm值,利用分类PCA方法分析,在葡萄糖作为主要碳源时,可将12株鼠李糖乳杆菌划分为7个生长型:151m和hsryfm1301;Bm01、CRL1505、F、grx19和LV1;剩余5株菌作为5个独立的生长型。在乳糖作为主要碳源时,可将12株鼠李糖乳杆菌划分为8个生长型:Bm01、F、grx10、grx19和LV1;剩余7株菌作为7个独立的生长型。在蔗糖作为主要碳源时,可将12株菌划分为10个生长型:151m和hsryfm1301;BG和grx10;剩余8株菌作为8个独立的生长型。（2）利用基于核磁共振（Nuclear Magnetic Resonance,NMR）的代谢组学和主成分分析法,研究12株鼠李糖乳杆菌在乳糖和蔗糖分别作为主要碳源时胞外代谢产物的特性。整体而言,乳糖作为主要碳源时,12株鼠李糖乳杆菌菌株胞外代谢产物表现出典型的基于发酵时间10 h和30 h的聚类区分。蔗糖作为主要碳源时,12株鼠李糖乳杆菌菌株胞外代谢产物没有表现出明显的基于发酵时间10 h和30 h的聚类区分。在发酵过程10 h和30h,12株鼠李糖乳杆菌菌株胞外代谢产物均表现出基于主要碳源乳糖和蔗糖的聚类区分。依据菌株胞外代谢产物的聚类分析,12株鼠李糖乳杆菌最多被分为2个代谢型。（3）利用MLST技术研究12株鼠李糖乳杆菌菌株间的遗传距离,推演菌株之间的进化关系。依据MLST结果,12株鼠李糖乳杆菌被分为7个序列型（Sequence Typing,ST）。ST3序列型中包含有Bm01、F、grx19和LV1等4株菌;ST1序列型包含151m和hsryfm1301两株菌;ST2序列型包含BG和grx10两株菌;ST4、ST5、ST6和ST7序列型均只含有1 株菌,分别为 CRL1505、LV108、LYO 和 SP1。综上所述,基于分类PCA的生长特性分析和基于管家基因碱基差异的MLST分型方法在菌株水平的区分鉴定上有很强的一致性,亦存在差异。同时,不同鼠李糖乳杆菌菌株对不同碳源的利用存在差异,表明菌株在碳源利用上具有菌株特异性。
金顺义[3]（2017）在《复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪生产性能和粪样微生物区系的影响》文中进行了进一步梳理为了提高泌乳母猪的生产性能,本研究利用复合益生菌发酵中草药和豆粕,并在母猪生产中进行应用,试验共分为三部分内容。试验一,研究中草药经复合益生菌发酵后有效成分的变化情况;试验二,研究日粮添加复合益生菌湿态发酵的中草药,对泌乳母猪生产性能和粪样中微生物区系的影响;试验三,研究日粮添加发酵中草药和豆粕对泌乳母猪生产性能的影响。主要研究结果如下:（1）微生物发酵对中草药有效成分的影响:复合益生菌（干酪乳杆菌、粪肠球菌、产朊假丝酵母）湿态发酵中草药（王不留行和益母草）后,中草药中的可溶性黄酮、生物碱、多糖和皂苷分别比未发酵中药提高了55.14%（P<0.05）、127.28%（P<0.05）、55.42%（P<0.05）和49.21%（P<0.05）,显着地提高了中草药的可溶性活性成分。（2）日粮中添加复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪生产性能的影响:选择健康状况良好、体况相近、平均3-5胎次的待产长白×大白二元待产母猪24头,随机分为3组,每组8头。分别为对A组（基础日粮）、B组（基础日粮+1%混菌发酵中药）、C组（基础日粮+1%未发酵中药）。试验在产前5 d开始,直到21 d仔猪断奶结束。试验结果表明:B组母猪平均采食量较对照组有一定提高（P>0.05）。B组仔猪的死亡率较A组降低67.23%。B组母猪乳汁中乳蛋白较A组提高62.22%（P<0.05）。B组母猪血清IgG较A组提高29.91%（P<0.05）,B组母猪血清超氧化物歧化酶活力和总抗氧化能力较A组分别提高17.79%（P<0.05）、12.29%（P<0.05）。B组母猪血清雌二醇较A组提高15.62%（P<0.05）,B组母猪血清催乳素含量分别较A组提高61.42%（P<0.05）。（3）日粮中添加发酵中草药和豆粕对泌乳母猪生产性能的影响:选用选择体况相近、健康状况良好、平均2-4胎次长白×大白待产二元母猪60头,随机分为3组。分别为对照组、试验Ⅰ组（8%的湿发酵豆粕和中药替代日粮中5%的豆粕）、试验Ⅱ组（8%的湿发酵豆粕替代日粮中5%的豆粕）,每组20头。试验在产前5 d开始,直到21 d仔猪断奶结束。试验结果表明:试验Ⅰ组仔猪断奶个体重及窝重较照组提高8.60%（P<0.05）、7.28%（P>0.05）,试验Ⅰ组仔猪死亡率较对照组降低21.61%（P<0.05）,试验Ⅰ组和Ⅱ组母猪平均采食量较对照组有一定提高（P>0.05）。试Ⅰ组和Ⅱ组母猪乳汁中乳脂肪及非指固形物比对照组分别提高15.73%（P<0.05）、20.94%（P<0.05）和26.49%（P<0.05）、10.70%（P<0.05）,试验Ⅰ组和Ⅱ组间母猪背膘损失较对照组降低53.13%（P<0.05）、39.06%（P<0.05）。试验Ⅰ组母猪血清中IgG含量较对照组提高36.00%（P<0.05）,试验Ⅰ组仔猪血清中尿素氮含量较对照组降低21.75%（P<0.05）。试验结果充分说明,微生物发酵中草药及其与发酵豆粕的混合物,对提高泌乳母猪的生产性能及乳仔猪的生长性能具有重要意义。
马晓平[4]（2014）在《大熊猫阴道微生物多样性及部分真菌生物学特性研究》文中进行了进一步梳理大熊猫繁殖能力极低,种群数量较少,虽然近年来大熊猫人工繁育技术已取得显着成果,但总体还存在大熊猫屡配不孕等繁殖问题。阴道定植着数量巨大、不同种属的微生物,其对机体健康具有重要的作用。细菌性或真菌性阴道病是一种阴道微生物群落紊乱性疾病,可能与众多的不良后果如早产及感染性疾病等有关,尤其疾病的发生发展与菌群组成和丰度有密不可分的联系。大熊猫的繁殖障碍因素很多,本研究拟通过培养和非培养方法研究大熊猫阴道内微生物,掌握其种群和丰度,为研究微生物在大熊猫繁殖障碍中的作用奠定基础。采用454高通量测序及生物信息学分析方法研究21只大熊猫阴道微生物种类及其优势菌种,同时研究了大熊猫阴道内可培养真菌种群及其部分高丰度真菌生物学特性。结果表明:（1）在21只大熊猫阴道样本中共检测到16 S rRNA优化序列224 110条,共分为6 650个OTUs,23个门,618个属,2 147个种,但其中有3个门,136个属,184个种无法鉴定。在各个不同分类水平上确定了优势种类。优势的门分别是:厚壁菌门（54.44%）、变形菌门（39.13%）、拟杆菌门（5.70%）、放线菌门（4.07%）等;优势的属分别是:链球菌属（21.14%）,乳球菌属（13.63%）,假单胞菌属（11.62%）,肠球菌属（6.64%）,罗尔斯通菌属（6.27%）;优势菌种分别是解没食子酸巴氏链球菌亚种（14.28%）和双鱼乳球菌（11.79%）等。（2）乳球菌属（13.63%）和肠球菌属（6.64%）和乳酸杆菌属（0.01%）是大熊猫阴道中主要的产乳酸的微生物,最优势的是乳球菌属,乳酸杆菌属只占0.01%,不是大熊猫阴道内优势菌群。（3）在20只大熊猫阴道样本中共检测到真核生物18 S rRNA优化序列155 480条,共分为1 650个OTUs,2个界,14个门,92个属,34种动物（27种虫）,70种真菌,27种植物。动物类的序列（98.1%）占优势的分别是:多细胞动物96.64%,扁形动物门1.28%,轮形动物门为0.13%;能鉴定到属的真菌共13个属,优势的分别是马拉色菌属（1.26%）、链格孢属（0.53%）、厚壁菌属（0.07%）、假丝酵母属（0.06%）、毕赤酵母属（0.01%）、耐冷酵母（0.01%）及毛孢子菌属（0.01%）;寄生虫分别是Paraschneideria、肾形虫属、簇虫属、隐孢子虫属、鞭毛虫、单鞭毛虫属、内阿米巴属及变形虫等。但是,动物、真菌和植物均有较大部分序列未能分类鉴定,有待进一步研究。（4）通过对10只发情期大熊猫阴道分泌物的真菌培养、形态学和分子生物学鉴定,共鉴定30种不同真菌,包含25种霉菌（83.33%）和5种酵母菌（16.67%）。（5）对大熊猫阴道分离链格孢菌分离株的生物学特性研究表明:链格孢菌分离株培养的最适培养基是玉米琼脂培养基和子囊孢子培养基;其次是马铃薯葡萄糖琼脂培养基、沙氏琼脂培养基和察氏琼脂培养基;最不适宜该分离菌株培养的培养基是改良大米琼脂培养基。该菌在25℃中生长情况最好,在15℃、20℃及30℃中生长情况较差,在35℃环境中几乎不能生长。最适pH为pH6和pH7,在pH8～pH11中生长较差,最差的是pH4和pH5。最适合该菌生长的碳源是淀粉和麦芽糖,其次是葡萄糖、蔗糖和甘油,生长最差的是在乳糖中;在研究该菌生长的氮源中,硝酸钠生长情况最好,其次是草酸铵,在尿素中该菌的生长情况较差,在硫酸铵中几乎不能生长。（6）对大熊猫阴道中分离株链状假丝酵母菌的生物学特性研究表明:链状假丝酵母菌菌体呈椭圆形,在玉米吐温培养基上长出分枝假菌丝和真菌丝,未见厚壁孢子,生长期生长曲线呈非对数,有分段,血清孵化未见芽管。葡萄糖、半乳糖、乙醇同化试验呈阳性,海藻糖、纤维二糖、棉籽糖、肌醇同化呈阴性;麦芽糖、半乳糖发酵试验呈阳性,葡萄糖、乳糖、菊糖、蔗糖发酵试验呈阴性;尿素试验呈阴性;耐放线菌酮试验呈阳性;显色反应呈绿色。本研究较全面掌握了大熊猫阴道内细菌及真核生物的种群、丰度及多样性。通过传统分离培养获得30种真菌,完成部分优势真菌的生物学特性研究。这些研究结果是对前人零星报道大熊猫阴道内可培养微生物种群的大力拓展,填补了大熊猫阴道微生物多样性空白,为提高大熊猫的繁殖率提供基础数据。
杨捷琳,袁辰刚,窦同海,丁小磊,潘良文[5]（2013）在《深度测序技术检测益生菌产品菌株组成及16SrDNA序列》文中进行了进一步梳理目的:探查益生菌制品的标签标示与产品中实际检测到的菌株比较及不同产品中菌株的异同性。方法:以市场上购买的进口、出口酸乳制品作为研究对象,设计可区别24种产品的样品标签序列（Barcode）,通过PCR及Illumina平台深度测序分析,获得了酸乳制品中所含益生菌种类及序列等详细信息,根据Barcode序列信息对其中所含的24个混合样本进行区分,然后利用16S RDP的16S数据库,对测序的Reads进行比对。结果:24种产品中标签标示与样品中实际检测到的菌株完全一致的仅有两种,在24种酸乳制品中,以嗜热链球菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌/德式乳杆菌为主要发酵菌株,双歧杆菌作为添加的益生菌基本在所有样品中存在,但含量较低,另一方面,不同产品中同一菌株的16S rDNA序列相似度较高,仅有两种菌株的1～2个碱基存在差异。结论:深度测序是一种可快速有效对食品中微生物群体精确筛查的技术,能够精确深入了解食品中微生物群落。使用溶方法检测目前市场上的酸乳制品,可发现使用的发酵菌种多来自商业化购买的菌剂,同质化程度较高,而作为后添加的双歧杆菌由于其生长条件的苛刻,实际活菌数量较低。
殷全玉[6]（2013）在《延边烟区土壤微生态与烤烟质量关系研究》文中提出本文针对植烟土壤生态失衡造成烟株营养失调、烟叶品质下降等问题,在吉林延边烟区选择了烟叶质量差异较大的三种类型植烟土壤（暗棕壤、黑砂土,白浆土）,研究了土壤微生态环境差异及其对烟叶质量形成的影响,分析了不同生境烟叶品质差异形成的根际微生态原因,为通过调控烟草根际微生态环境,改善土壤碳氮供应与烟株碳氮代谢的关系、进一步提高烟叶品质提供理论依据。主要研究结果如下：1、在烟草主要生育期内,连续2年采集三种类型土壤烟株根际和非根际土壤,对其pH值、养分含量、酶活力状况以及微生物数量进行了研究,结果表明暗棕壤pH值、速效养分含量、酶活性、微生物数量及其根际效应等指标均高于其它两种类型土壤,具有较高的生物活性,创造了一个更有利于土壤养分矿化的微生态环境,是暗棕壤烟叶质量好于黑砂土和白浆土的原因之一。但是暗棕壤根际土微生物优势集中度较高,群落多样性和均匀度低,系统的自我调控能力较黑砂土和白浆土差,更容易遭受环境因素影响。2、对土壤6类生理功能菌群微生物进行分析表明,（1）延边地区烟株根际微生态环境可以刺激土壤中亚硝化细菌、硝化细菌、氨化细菌和好气性纤维素分解菌等生理菌群生长,表现出明显的根际正效应,而好气性固氮菌和钾细菌,受土壤类型和烟株生育期影响呈现正、负两方面的根际效应。（2）不同类型植烟土壤对不同的生理功能类群微生物产生不同的根际效应,暗棕壤中与氮素循环有关的微生物根际效应较大,数量较多,更有利于土壤氮素活化,供氮能力增强,增加烟叶氮含量,从而使烤后烟叶的糖氮比降低到适宜的范围。3、用典型相关分析方法（CCA）研究烟草根际土微生态环境和烟叶化学成分之间的相关关系表明：（1）根际土壤速效养分、酶活性、微生物数量均与烟叶化学成分呈现显着相关关系。（2）速效养分与烟叶化学成分关系最为密切,根际土碱解氮和速效磷含量与烟叶烟碱含量负相关,与总氮和钾含量正相关。（3）土壤酶活性与烟叶化学成分有关,但相关关系较为复杂。（4）根际土壤中氨化细菌和固氮菌在土壤氮素循环与供应方面起重要作用,硝化和亚硝化细菌影响烟草中烟碱合成和积累。钾细菌在土壤钾素供应中作用有限,外源钾肥仍然是烟草主要的钾素营养源。烟叶对钾素的吸收和积累不仅与土壤钾含量有关,还与土壤碳氮代谢有关。4、在烟株进入旺盛生长时期,取暗棕壤和白浆土的根际和非根际土,用16S rRNA文库法研究了烟田土壤微生物生态多样性,研究结果表明,（1）延边地区植烟土壤大部分细菌是未可知的,且根际土未知细菌比例较非根际土高,白浆土较暗棕壤高。（2）用16S rRNA克隆文库法从延边地区植烟土壤中分析到了10大类群微生物,分别属于放线菌门、变形菌门、酸杆菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门、疣微菌门、硝化螺旋菌门和浮霉菌门。土壤微生物多样性、数量和种类在不同类型土壤间、根际和非根际土间存在极大差别。（3）放线菌和变形菌是延边地区植烟土壤含量最丰富的微生物类群。在非根际土中变形菌是第一优势微生物类群,在根际土中放线菌是第一优势类群。烟草根系活动可以刺激土壤放线菌生长,提高了根际土放线菌群在微生物中所占比例,而降低了变形菌门比例。（4）延边地区植烟土壤中Solirubrobacterales和Acidimicrobiales类群的放线菌广泛存在,受烟草根系活动和土壤类型影响较小,而Actinomycetales类群的放线菌易受土壤和植物根系活动影响而发生变化。（5）延边地区植烟土壤中最主要的变形菌是α-变形菌纲,占整个变形菌门微生物总量的一半或更高,其次是β-变形菌纲和γ-变形菌纲。烟草根系活动可以刺激土壤中α-变形菌纲Sphingomonas kaistensis菌种的生长,使其成为根际土中占绝对优势的变形菌,但降低了变形菌门微生物多样性,并对β-变形菌纲和Y-变形菌纲生长表现出抑制效应。Sphingomonas kaistensis参与产氢、固氮、分解有机物等土壤物质循环过程,有利于烟株根际土养分循环和供应。（6）烟草根系活动影响着土壤微生物群落结构和种类,产生了新的未知菌种,改变了根际土优势菌。5、用牛肉膏蛋白胨和改良高氏1号培养基从暗棕壤和白浆土中分离、筛选优势细菌和优势放线菌群,分析发现用牛肉膏蛋白胨分离的优势细菌是芽孢杆菌,用改良高氏1号培养基从土壤中分离的优势放线菌株是链霉菌属。6、用漂浮育苗法、盆栽法和大田试验法研究从烟草根际筛选出的芽孢杆菌和链霉菌属对烟叶生长的影响,结果表明,（1）从烟草根际土筛选出的芽孢杆菌可以促进烟苗碳氮代谢、增强烟株根系活力,从而提高烟株地上部分和地下部分生物量。此外,还可以促进大田烟草早发快长,缩短生育期,有效地降低了上部烟叶糖氮比和糖碱比,使烟叶化学成分更趋于协调、香气量更丰富。（2）从烟草根际土筛选出的链霉菌属对烟草生长和烟叶品质没有表现出明显地促生效果。7、暗棕壤根际土芽孢杆菌含量占文库10%,属于优势类群,而白浆根际土芽孢杆菌含量不足1%。芽孢杆菌在两种类型土壤中含量的巨大差异,可能是暗棕壤烟叶质量优于白浆土的另一原因。
朱艳宾[7]（2013）在《妊娠期需氧菌性阴道炎与妊娠结局及母婴B族链球菌感染的相关性研究》文中提出近年研究发现,引起阴道细菌感染的疾病有两类,一类由厌氧菌和兼性厌氧菌引起,临床上称为细菌性阴道病（BV）,另一类由需氧菌引起,临床上称需氧菌性阴道炎（AV）。关于BV的研究很多,而关于AV的研究国内报道较少,妊娠期AV以及对妊娠结局的影响国内尚未见报道,国外报道不多。B族链球菌（GBS）是AV常见致病菌,妊娠期GBS感染可导致严重的不良妊娠结局,但母婴GBS的血清型及基因型配对研究国内报道较少。因此,我们选取在我院产科门诊建册常规产检、诊断为需氧菌性阴道炎（AV）的孕妇150例为研究对象,分析阴道菌群分布情况及其与妊娠结局相关性,并对其母婴配对GBS菌株血清型及基因型进行了相关性分析。第一部分妊娠期需氧菌性阴道炎对妊娠结局的影响目的探讨AV孕妇妊娠不同时期阴道菌群分布情况及其与妊娠结局相关性。方法选取2010年7月～2012年7月在深圳市南山人民医院产科门诊建册常规产检、诊断为AV的孕妇150例为研究对象,分为三组,其中早孕组50例（孕周<13周）,中孕组50例（13周≤孕周<28周）,晚孕组50例（孕周≥28周）,并选取同期在我院产科门诊行健康检查的正常孕妇100例为对照组。取阴道分泌物,部分镜检,部分送微生物培养,AV阳性者根据患者意愿给予治疗。分析AV孕妇阴道菌群分布,并随访阴道分泌物、妊娠结局包括分娩孕周、分娩方式、胎膜破裂、绒毛膜羊膜炎、胎儿窘迫、产褥感染、产后出血、新生儿评分、新生儿体重及新生儿感染情况。结果1.AV孕妇以阴道分泌物性状改变就诊者占31.3%（47/150）,分泌物一般为黄色或黄绿色、稀薄、脓性。阴道菌群主要以GBS、大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌及粪肠球菌为主,其中GBS检出率为28.6%（43/150）,早孕组32%,中孕组28%,晚孕组26%。2.150例AV孕妇胎膜早破（26%）、绒毛膜羊膜炎（10.7%）、产后出血（9.3%）的发生率均明显高于对照组的发生率（分别为13.0%、2.0%、3.0%）（P<0.05）；各个孕期AV孕妇胎膜早破、绒毛膜羊膜炎、产后出血发生率差异无统计学意义（P>0.05）。3.AV孕妇所分娩的新生儿中,新生儿感染率为11.3%,高于对照组的2%（P<0.05）；而新生儿体重、Apgar评分明显低于对照组（P<0.05）；共发生新生儿肺炎4例,其中AV孕妇分娩新生儿3例,均为GBS感染。4.应用克林霉素磷酸酯阴道泡腾片治疗后,治疗组胎膜早破（20.6%）、绒毛膜羊膜炎（4.9%）、产后出血（5.9%）的发生率明显低于未治疗组孕妇的发生率（分别为37.5%、22.9%、14.6%）（P<0.05）。而分娩方式、胎儿窘迫、早产、产褥感染发生率两组比较,差异均无统计学意义（P>0.05）。5.治疗组新生儿感染率为8.9%,明显低于未治疗组的16.7%（P<0.05）；而新生儿体重、Apgar评分明显高于未治疗组（P<0.05）。结论AV感染孕妇主要症状为阴道分泌物呈黄色、黄绿色、稀薄、脓性,感染菌群主要以GBS、大肠埃希氏菌、金黄色葡萄球菌及粪肠球菌为主,AV感染可导致胎膜早破、绒毛膜羊膜炎、产后出血、新生儿感染、窒息、低出生体重等不良妊娠结局,经治疗可改善妊娠结局。第二部分母婴感染GBS血清型及基因型分析目的探讨母婴配对GBS菌株血清型和DNA指纹图谱是否一致。方法选取第一部分AV中为GBS感染者及其新生儿口咽部分泌物培养G1BS阳性者为研究对象,随机选取GBS菌株72株利用免疫双扩散法进行血清学分型,并将母婴菌株配对,研究其血清型是否一致,应用RAPD技术对18株不同血清型的菌株进行DNA指纹图谱研究,比较G1BS菌株血清型和基因型是否一致。结果1.对43例GBS感染者进行药敏试验,GBS对青霉素G、氨苄青霉素、头孢唑啉、头孢替安及克林霉素敏感,敏感率均为97.7%,红霉素和头孢哌酮的耐药率较高,红霉素耐药率高达23.3%。2.对72株GBS菌株进行了血清型分析,共分离出9个血清型,包括Type Ⅰ。、Ⅰb、IⅡ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ,其中Ⅱ型占23.6%,Ⅲ型占25%,是主要血清型,另外发现3株GBS为不可分型。3.利用免疫双扩散法将12例新生儿GBS供试抗原与其母亲GBS抗血清进行配对检测,12例均产生沉淀线,相应的沉淀线完全融合,形成平滑的曲线。4.应用RAPD技术对18株GBS基因型进行研究,所用7条随机引物中有4条呈现良好的多态性和稳定性,可产生差异显着的指纹图谱。18株GBS间的遗传距离为0.082～0.531,平均距离为0.35,其中第4株和第13株同为血清型TypeⅢ,但遗传距离最大,为0.358；第1株和第7株为不同血清型,而遗传距离最小,为0.011。不同血清型的GBS菌株具有相似的指纹图,而同一血清型的菌株指纹图存在差异。结论1.我们共分离出9个血清型,其中Ⅱ型和Ⅲ是主要血清型,另外发现3株GBS为不可分型,孕妇及其产婴儿GBS菌株具较高的相似性。2.不同血清型的GBS菌株具有相似的指纹图,同一血清型的菌株指纹图存在差异。
秦丹[8]（2011）在《四川腊肉和香肠加工贮藏过程中微生态系统的RAPD分析》文中指出自然条件下多种微生物的共同作用是四川腊肉和香肠风味形成的重要途径。开展发酵肉制品中微生态系统的研究是改进传统发酵肉制品加工工艺与产品质量控制的客观需要。本文以四川腊肉和香肠为研究对象,利用传统分离培养方法和RAPD技术分析了加工和贮藏过程中微生态系统变化规律。分析不同时期四川腊肉和香肠常见微生物数量、微生物群落DNA序列的丰富度指数、多样性指数、均匀度指数、灰度值之间的变化及差异,并对两种方法的结果进行比较。主要研究内容及结论如下：1四川腊肉的优势菌为乳酸菌和葡萄球菌,烟熏对微生物尤其是酵母菌生长影响显着。四川香肠发酵成熟过程中的优势菌为葡萄球菌、微球菌以及乳酸菌。在三个月的贮藏中,酵母和霉菌数量的变化不明显。2采用SDS法、溶菌酶法、氯化苄法、试剂盒法和改进CTAB法五种方法分别提取发酵肉制品中微生物基因组DNA。结果表明,用氯化苄法提取的DNA条带清晰、条带数多,适合发酵肉制品中微生物总DNA的提取。3采用单因子梯度试验法对影响发酵肉制品微生物RAPD反应体系进行优化。结果表明,25μl PCR反应体积中,RAPD反应的最佳反应条件为2.5 mmol/L MgCl2, 0.15 mmol/L dNTPs,15 pmol引物,50 ng模板DNA,1.0 UTaq DNA聚合酶。4四川腊肉和香肠微生物群落DNA序列的丰富度指数、修正丰富度指数、多样性指数及均匀度指数随着加工贮藏时间的变化而变化。腊肉和香肠在加工30天丰富度指数均呈现最高值,修正丰富度指数与丰富度指数的变化趋势基本一致。腊肉和香肠微生物群落DNA序列多样性指数和均匀度指数变化规律及幅度有一定差异。腊肉加工30天时,多样性指数达到最高值,烟熏期的均匀度指数最高。5在RAPD与传统微生物培养法对四川腊肉和香肠加工贮藏过程中微生态系统变化的研究结果的比较分析中,两种方法检测得到的微生物多样性结果不完全一致。
刘淮德[9]（2010）在《应用微生物分子生态学方法研究对虾肠道细菌组成及其变化规律》文中提出对虾肠道中存在大量的微生物群落,它们对宿主的营养、生理、免疫和疾病防御起着重要的作用。近来微生态制剂开始用于对虾养殖中以促进其生长、提高免疫力和减少病害发生。水产微生态制剂作为抗生素的替代品,代表水产养殖病害防治当前和未来的发展方向,但是其被水产动物口服后的作用机理并不是十分清楚。了解对虾肠道微生物区系中微生物的组成、结构及其生理功能如何,在此基础上可以进一步研究外源有益微生物制剂对其影响,将有助于微生态制剂在水产养殖中的有效应用与推广。本论文克服传统培养法的缺陷,应用PCR-DGGE法和16S rDNA文库法研究分析中国明对虾和日本囊对虾肠道微生物组成,鉴定其优势种群；比较分析芽孢杆菌和柠檬酸等对日本囊对虾肠道微生物的影响；比较分析水产常用抗生素氟苯尼考对日本囊对虾肠道微生物的影响,为养殖对虾肠道微生物区系的调控技术提供理论依据。主要研究结果如下：1.健康成年中国明对虾肠道微生物样品经DGGE分离得到22个不同位置的条带,鉴定后分别属于变形菌门（Proteobacteria）和厚壁菌门（Firmicutes）两大类群,分别为冷杆菌属,不动杆菌属,假单胞菌属,希万氏菌属,海洋螺菌属,弧菌属,Thalassobius属,肠球菌属：构建16S rRNA克隆文库,克隆子经测序比对后分别属于变形菌门（Proteobacteria）和拟杆菌门（Bacteroidetes）两大类群,分别为肠杆菌属,弧菌属,希万氏菌属,亮发菌属,红细菌属,弓形杆菌属,Loktanella属,玫瑰杆菌属,黄杆菌属,不可培养细菌。这2种方法都能有效的反映肠道微生物多样性状况,且克隆文库法比DGGE法更完整和全面。结合使用这2种方法,初步反映了中国明对虾肠道微生物多样性信息。结果表明,中国明对虾肠道微生物属于变形菌门（Proteobacteria）、厚壁菌门（Firmicutes）和拟杆菌门（Bacteroidetes）三大类群,其中变形细菌为优势菌群。2.日本囊对虾肠道正态微生物区系组成种类主要有红细菌属,肠杆菌属,黄杆菌属,鞘脂单胞菌属,噬纤维素菌属,海神单胞菌属,十八杆菌属,青枯菌属,硫还原菌属,脱硫弧菌属,玫瑰杆菌属,弧菌属和不可培养细菌13个属,分别属于α-proteobacteria,β-proteobacteria,γ-proteobacteria,δ-proteobacteria, Bacteroidetes和不可培养细菌六大类群。3.日本囊对虾在使用添加芽孢杆菌的饲料喂养后,肠道微生物种类主要有肠杆菌属,鞘脂单胞菌属,黄色单胞菌属,黄杆菌属,弧菌属,新月形单胞菌属,红细菌属,冷弯菌属,玫瑰杆菌属,芽孢杆菌属,丙酸杆菌属,噬纤维素菌属,海神单胞菌属和不可培养细菌,属于α-proteobacteria,γ-proteobacteria, Flavobacteria, Clostridia, Actinobacteria和Bacilli,其中肠杆菌数量明显增多；添加芽孢杆菌的饲料喂养后改为普通饲料,肠道微生物种类主要有弧菌属,红细菌属,节杆菌属,Olleya, Lacinutrix, Oceanistipes,普雷沃氏菌属,泛菌属,梨形菌属和不可培养细菌,分别属于α-proteobacteria,γ-proteobacteria, Flavobacteria, Bacteroidetes, Actinobacteria, Planctomycetacia;添加芽孢杆菌的饲料喂养后改为饥饿喂养,肠道微生物种类主要有Lacinutrix, Oceanistipes, Aquimarina, Olleya, Thalassobius,玫瑰杆菌属,节杆菌属,弧菌属和不可培养细菌,分别属于α-proteobacteria,γ-proteobacteria, Flavobacteria, Actinobacteria。4.日本囊对虾在使用添加柠檬酸的饲料喂养后肠道微生物种类主要有肠杆菌属,黄杆菌属,红杆菌属,不动杆菌属,脱硫叶菌属,海神单胞菌属,芽孢杆菌属,玫瑰杆菌属,螺旋体属,弧菌属和不可培养细菌,属于α-proteobacteria,γ-proteobacteria,δ-proteobacteria, Flavobacteria, Bacillii和Spirochaetes。肠道微生物多样性增加。5.日本囊对虾在使用添加氟苯尼考的饲料喂养后肠道微生物主要包括Aranicola, Granulosicoccus, Kocuria,弧菌属,节杆菌属,产黄杆菌属,微杆菌属和不可培养细菌,属于α-proteobacteria,γ-proteobacteria, Actinobacteria。肠道微生物种类减少。综上所述,本研究从微生物分子生态学角度,分析中国明对虾和日本囊对虾肠道微生物组成,并探讨抗生素、益生菌和酸化剂等对日本囊对虾肠道微生物区系的影响,研究结果为微生态制剂在水产养殖中的应用和推广提供了理论依据。
程金平[10]（2009）在《感染猪的肠球菌生物学特性研究》文中指出肠球菌为球形或卵圆形、呈链状排列的革兰阳性细菌,自从1984年单独成属以来,已由原来的两个种增加到41个种。肠球菌不但可引起医院内病人的腹膜炎、心内膜炎、尿道炎和脑膜炎等,也可引起猪、羊、鸡和鸭等动物的感染,感染动物的肠球菌也可直接传染给人,污染食品中的肠球菌也可导致人的食物中毒,因此肠球菌在公共卫生学上具有重要的意义。2003～2007年期间,在河南省许昌、南阳、郑州、洛阳等地患有败血症、脑膜炎和关节炎的病猪体内分离到42株疑似肠球菌,对其进行了常规的形态学观察、耐受性试验、生化鉴定和全细胞蛋白型分析,并进行了16S rRNA和RAPD等分子水平探讨,以期为进一步研究感染猪的肠球菌多样性及猪源肠球菌感染的临床治疗和公共卫生学意义提供参考依据。42株分离菌全呈G+,卵圆形或球形,并呈长短不一的链状排列,能够在6.5%NaCl肉汤、pH 9.6葡萄糖肉汤、10℃、45℃和60℃30 min条件下生长。Vitek-32全自动细菌鉴定系统对42株中的34株成功进行了鉴定,鉴定率81.0 %,其中粪肠球菌（E. faecalis）10株、屎肠球菌（E. faecium）2株、铅黄肠球菌（E. casseliflavus）22株,另有8株分离菌未鉴定到种的水平;细菌全细胞蛋白型分析结果表明,42株分离菌全细胞蛋白条带呈现出两种完全不同的聚类型,据此可将42株分离菌分为两种类型,两种类型电泳条带的分子量差异主要在97KDa、90KDa、67KDa和46KDa处,一种类型具有蛋白分子量90 KDa的条带,而另一种类型则具有46KDa、67 KDa和97 KDa 3个条带,因此,90KDa条带和46KDa、67 KDa和97 KDa 3个条带可作为这两种类型肠球菌的特征性区别条带。16S rRNA基因序列分析已经成为细菌种属鉴定和分类的标准方法。我们采用细菌通用16S rRNA引物对42株感染猪的肠球菌16S rRNA全基因进行扩增,扩增产物克隆到pTG19-T载体中进行测序,所得序列用BLAST软件与GenBank中相关属种的16S rRNA序列比较,结果表明42株肠球菌的16S rRNA序列与GenBank中登录的各种肠球菌同源性较高。利用DNAStar软件将42株感染猪的肠球菌与GenBank中32种肠球菌的16S rRNA序列进行序列同源性分析,42株分离菌均鉴定到种的水平,其中12株感染猪的肠球菌与GenBank中登录的4株粪肠球菌（E.faecalis）模式菌株（AF515223、AJ301831、EU728747、NC004668）的同源性在99.3%～99.9%之间;30株感染猪的肠球菌与GenBank中登录的3株屎肠球菌（E.faecium）模式菌株（EU547780、DQ411813、Y18294）的同源性在99.3%～100%之间。同时,我们测定的42株肠球菌（HN-N1～HN-N42）16S rRNA序列已被GenBank收录,按菌株顺序其登录序列号（accession number）分别为为FJ378656～FJ378697。与已公布的肠球菌种特异性探针序列相比较,42株肠球菌16S rRNA基因序列均含有屎肠球菌和粪肠球菌种特异性探针序列。利用19条随机引物以随机扩增多态性DNA（RAPD）技术对42株分离菌进行了鉴别。结果表明,有4条引物对所有菌株扩增均得到多态性较好的条带,每株菌DNA扩增条带数在110条之间,不同菌株所得的片段大小介于200～4000bp之间,4条引物扩增42个菌株共观察到673条清晰的带纹,每条引物平均产生168.3个扩增片断,每株肠球菌平均产生4个扩增片断。SPSS13.0软件计算其相似性系数和遗传距离指数,利用最短距离法绘制系统发育树。结果显示,HN-N3和HN-N6两菌株间遗传距离指数为0.000,推测其可能为同源株。在聚类重新标定距离（rescaled distance cluster combine）为23的水平上,42株肠球菌可分为两大聚类群,这与16S rRNA的鉴定结果完全一致,这说明聚类重新标定距离23可以进行肠球菌种的鉴定;30株屎肠球菌在聚类重新标定距离为16的水平上分为9大聚类群;12株粪肠球菌与3株粪肠球菌阳性参考菌株（ATCC29212、ATCC33186、CMCC（B）32223）在在聚类重新标定距离为19的水平上分为4大聚类群。
二、应用RAPD技术鉴别微生态菌种（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、应用RAPD技术鉴别微生态菌种（论文提纲范文）
（1）原料奶中嗜冷菌的潜在危害研究 ——基于腐败特性及其生物被膜形成的角度（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词(ABBREVTATION) |
| 第1章 绪论 |
| 1.1 原料奶中嗜冷菌的研究进展 |
| 1.1.1 原料奶中嗜冷菌的分离鉴定 |
| 1.2 原料奶中嗜冷菌产腐败酶的研究进展 |
| 1.2.1 腐败酶的热稳定性 |
| 1.2.2 腐败酶对乳制品品质的影响 |
| 1.3 细菌生物被膜形成的研究进展 |
| 1.3.1 生物被膜的形成过程 |
| 1.3.2 乳品工业中的生物被膜 |
| 1.3.3 生物被膜对乳品工业的影响 |
| 1.3.4 微生物间相互作用对生物被膜形成的影响 |
| 1.4 细菌群体感应的研究 |
| 1.4.1 QS系统 |
| 1.4.2 QS对生物被膜形成的调控作用 |
| 1.4.3 QS对食品腐败的调控作用 |
| 1.5 本课题立题依据及研究内容 |
| 1.5.1 立题依据及研究目的 |
| 1.5.2 研究内容 |
| 1.6 本课题技术路线 |
| 第2章 基于RAPD技术的原料奶中嗜冷菌多样性解析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样品采集 |
| 2.1.2 主要试剂及培养基 |
| 2.1.3 主要仪器设备 |
| 2.1.4 原料奶样品中嗜冷菌的计数(平板涂布法) |
| 2.1.5 原料奶样品中嗜冷菌的分离 |
| 2.1.6 嗜冷菌的RAPD-PCR分析 |
| 2.1.7 嗜冷菌的测序鉴定 |
| 2.1.8 数据统计分析 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.2.1 原料奶样品中嗜冷菌的计数 |
| 2.2.2 原料奶中嗜冷菌的多样性分析 |
| 2.3 本章小结 |
| 第3章 嗜冷菌的腐败特性及其所产腐败酶的耐热性研究 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 主要试剂 |
| 3.1.2 主要仪器设备 |
| 3.1.3 菌株来源 |
| 3.1.4 嗜冷菌产腐败酶的定性测定(平板法初筛) |
| 3.1.5 嗜冷菌产蛋白酶和脂肪酶能力的定量测定 |
| 3.1.6 蛋白酶和脂肪酶的热稳定性 |
| 3.2 结果与讨论 |
| 3.2.1 嗜冷菌产腐败酶能力的初筛(平板法) |
| 3.2.2 嗜冷菌产蛋白酶活的定量测定 |
| 3.2.3 嗜冷菌产脂肪酶活的定量测定 |
| 3.2.4 蛋白酶和脂肪酶的热稳定性 |
| 3.3 本章小结 |
| 第4章 低温条件下嗜冷菌的生物被膜形成能力研究 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 主要材料与试剂 |
| 4.1.2 主要仪器设备 |
| 4.1.3 菌株来源 |
| 4.1.4 96孔板法测定嗜冷菌生物被膜形成能力 |
| 4.1.5 嗜冷菌在不锈钢表面的生物被膜形成能力 |
| 4.1.6 扫描电镜观察不锈钢表面形成的生物被膜形态 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 96孔板法测定嗜冷菌的生物被膜形成能力 |
| 4.2.2 嗜冷菌在不锈钢表面的生物被膜形成能力 |
| 4.2.3 扫描电镜观察不锈钢表面生物被膜形成情况 |
| 4.3 本章小结 |
| 第5章 嗜冷菌相互作用对生物被膜形成及消毒剂抗性的影响 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 主要材料与试剂 |
| 5.1.2 主要仪器设备 |
| 5.1.3 菌株来源 |
| 5.1.4 96孔板法测定细菌相互作用关系对生物被膜形成能力的影响 |
| 5.1.5 细菌相互作用关系对嗜冷菌在不锈钢表面形成生物被膜能力的影响 |
| 5.1.6 嗜冷菌株间相互作用对不同消毒剂清除生物被膜效率的影响 |
| 5.1.7 CLSM观察不同消毒剂对生物被膜的清除率 |
| 5.2 结果与讨论 |
| 5.2.1 96孔板法测定细菌相互作用关系对生物被膜形成能力的影响 |
| 5.2.2 细菌相互作用关系对嗜冷菌在不锈钢表面形成生物被膜能力的影响 |
| 5.2.3 不同消毒剂对生物被膜的清除能力 |
| 5.2.4 CLSM观察 |
| 5.3 本章小结 |
| 第6章 AHLs类信号分子对嗜冷菌腐败和生物被膜形成的影响 |
| 6.1 材料与方法 |
| 6.1.1 主要材料与试剂 |
| 6.1.2 主要仪器设备 |
| 6.1.3 实验菌株 |
| 6.1.4 AHLs类信号分子的提取 |
| 6.1.5 报告平板法筛选产AHLs的菌株 |
| 6.1.6 LC/MS鉴定AHLs分子结构 |
| 6.1.7 外源添加AHLs诱导嗜冷菌生长 |
| 6.1.8 外源添加AHLs诱导嗜冷菌生物被膜的形成 |
| 6.1.9 外源添加AHLs诱导嗜冷菌产腐败酶 |
| 6.1.10 外源添加AHLs诱导牛奶粒径大小的变化 |
| 6.1.11 外源添加AHLs诱导嗜冷菌所分泌腐败酶水解乳蛋白 |
| 6.1.12 外源添加AHLs诱导牛奶风味的变化 |
| 6.2 结果与讨论 |
| 6.2.1 不同嗜冷菌产AHLs能力 |
| 6.2.2 AHLs结构的鉴定 |
| 6.2.3 外源添加AHLs诱导嗜冷菌的生长 |
| 6.2.4 外源添加AHLs对嗜冷菌生物被膜形成能力的影响 |
| 6.2.5 外源添加AHLs对嗜冷菌产腐败酶能力的影响 |
| 6.2.6 外源添加AHLs对牛奶粒径分布的影响 |
| 6.2.7 外源添加AHLs诱导嗜冷菌所分泌腐败酶水解乳蛋白 |
| 6.2.8 外源添加AHLs对牛奶风味的影响 |
| 6.3 本章小结 |
| 第7章 基于转录组学的AHLs类信号分子调控机制研究 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 实验菌株 |
| 7.1.2 主要材料与试剂 |
| 7.1.3 主要仪器设备 |
| 7.1.4 样品的制备 |
| 7.1.5 细菌总RNA的提取和纯化 |
| 7.1.6 测序文库的构建 |
| 7.1.7 上机测序与数据前处理 |
| 7.1.8 差异表达基因分析 |
| 7.1.9 Gene ontology (GO)富集与KEGG Pathway代谢途径分析 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.2.1 AHLs诱导的基因表达差异 |
| 7.2.2 GO与KEGG Pathway代谢途径分析 |
| 7.2.3 RT-qPCR验证基因表达量差异 |
| 7.2.4 QS调控嗜冷菌生长、分泌腐败酶以及生物被膜形成的模型建立 |
| 7.3 本章小结 |
| 第8章 结论和展望 |
| 8.1 主要结论 |
| 8.2 创新点 |
| 8.3 后续研究展望 |
| 参考文献 |
| 附:作者简历 |
（2）鼠李糖乳杆菌生长代谢特性与多位点序列分型的相关性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 符号说明 |
| 1 引言 |
| 1.1 鼠李糖乳杆菌 |
| 1.1.1 鼠李糖乳杆菌简介 |
| 1.1.2 鼠李糖乳杆菌形态结构及生理生化特性 |
| 1.1.3 鼠李糖乳杆菌的益生功能 |
| 1.1.3.1 调节肠道菌群平衡 |
| 1.1.3.2 预防和治疗腹泻 |
| 1.1.3.3 增强免疫功能 |
| 1.1.3.4 预防和治疗酒精性肝病 |
| 1.1.3.5 辅助降血脂功能 |
| 1.2 乳酸菌菌株特异性概述 |
| 1.3 乳酸菌菌株水平的鉴别技术 |
| 1.3.1 DNA水平的鉴别技术 |
| 1.3.1.1 随机扩增多态性DNA技术 |
| 1.3.1.2 脉冲场凝胶电泳技术 |
| 1.3.1.3 多位点序列分型技术及应用 |
| 1.3.2 代谢水平的鉴别技术 |
| 1.3.2.1 代谢组学 |
| 1.3.2.2 代谢组学的应用 |
| 1.4 研究目的、意义与主要内容 |
| 1.4.1 研究的目的与意义 |
| 1.4.2 研究内容 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 试验材料 |
| 2.1.1 鼠李糖乳杆菌菌株来源 |
| 2.1.2 主要试剂 |
| 2.1.3 试剂配制 |
| 2.1.4 主要仪器与设备 |
| 2.1.5 数据处理软件 |
| 2.2 试验方法 |
| 2.2.1 鼠李糖乳杆菌菌株的活化培养及形态学鉴定 |
| 2.2.2 鼠李糖乳杆菌菌株生长稳定性检验 |
| 2.2.3 鼠李糖乳杆菌菌株在不同碳源条件下生长曲线的测定 |
| 2.2.4 生长曲线数据处理 |
| 2.2.5 发酵液样品制备 |
| 2.2.6 ~1H-NMR测定 |
| 2.2.7 ~1H-NMR数据处理 |
| 2.2.8 鼠李糖乳杆菌菌株基因组提取 |
| 2.2.9 管家基因的选择及引物设计 |
| 2.2.10 PCR扩增及产物检测 |
| 2.2.11 MLST序列整理分析 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 鼠李糖乳杆菌生长特性分析 |
| 3.1.1 鼠李糖乳杆菌菌株的形态学特性 |
| 3.1.2 鼠李糖乳杆菌生长稳定性分析 |
| 3.1.3 鼠李糖乳杆菌菌株在不同碳源下的生长特性分析 |
| 3.1.3.1 鼠李糖乳杆菌菌株生长特性的差异分析 |
| 3.1.3.2 鼠李糖乳杆菌菌株生长特性的分类PCA分析 |
| 3.2 鼠李糖乳杆菌胞外代谢产物分析 |
| 3.2.1 鼠李糖乳杆菌代谢物谱峰归属 |
| 3.2.2 鼠李糖乳杆菌菌株胞外代谢产物的主成分分析 |
| 3.2.2.1 碳源和发酵时间对鼠李糖乳杆菌菌株代谢的影响 |
| 3.2.2.2 不同碳源和发酵时间下鼠李糖乳杆菌菌株的聚类分析 |
| 3.3 鼠李糖乳杆菌MLST分型分析 |
| 3.3.1 管家基因扩增和测序结果 |
| 3.3.2 等位基因的ST分型结果 |
| 3.3.3 等位基因多样性分析 |
| 3.3.4 等位基因序列重组分析 |
| 3.3.5 不同鼠李糖乳杆菌菌株系统发育树 |
| 3.4 鼠李糖乳杆菌生长特性与MLST分型的相关性分析 |
| 4 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 |
（3）复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪生产性能和粪样微生物区系的影响（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 摘要 |
| 第一章 文献综述 |
| 1 研究背景 |
| 2 中草药和微生态制剂的研究进展 |
| 2.1 中草药添加剂的概述 |
| 2.1.1 中草药饲料添加剂的定义 |
| 2.1.2 中草药饲料添加剂的药用效果 |
| 2.1.3 中草药王不留行概述 |
| 2.1.4 中草药益母草概述 |
| 2.2 益生菌制剂 |
| 2.2.1 益生菌制剂的概念 |
| 2.2.2 益生菌制剂的种类 |
| 2.2.3 饲用益生菌制剂的种类 |
| 2.2.4 产朊假丝酵母、粪肠球菌、干酪乳杆菌概述及在畜禽生产上的应用 |
| 2.2.5 益生菌在胃肠道内的作用机制 |
| 2.3 肠道微生态的研究进展 |
| 2.3.1 现代微生态学检测方法 |
| 2.3.2 益生菌对于机体胃肠道微生物区系的作用 |
| 2.4 中草药和益生菌协同作用 |
| 2.4.1 中草药对有益微生物菌群生长的促进作用 |
| 2.4.2 中草药和益生菌作用的协同性 |
| 2.4.3 中草药对于益生菌的增殖作用 |
| 2.4.4 益生菌可加强中草药在机体内的药效 |
| 2.5 益生菌发酵中草药在猪生产上的应用 |
| 3 发酵豆粕 |
| 3.1 豆粕中主要抗营养因子 |
| 3.2 发酵豆粕的概念 |
| 3.3 发酵豆粕在畜禽生产上的应用 |
| 4 本研究目的及意义 |
| 4.1 论文选题的依据 |
| 4.2 选题的目的与意义 |
| 5 技术路线 |
| 第二章 复合益生菌发酵前后中草药有效活性成分的变化 |
| 1 试验材料与方法 |
| 1.1 复方中草药 |
| 1.2 试验菌种与培养基 |
| 1.3 菌种的培养 |
| 1.4 复合益生菌湿态同步发酵中草药 |
| 1.5 发酵前后中草药有效成分的测定 |
| 1.5.1 试验试剂 |
| 1.5.2 试验仪器 |
| 1.5.3 总黄酮的测定 |
| 1.5.4 总生物碱的测定 |
| 1.5.5 粗多糖的测定 |
| 1.5.6 总皂苷的测定 |
| 1.6 数据统计和分析 |
| 2 结果与分析 |
| 3 讨论 |
| 4 小结 |
| 第三章 复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪生产性能和粪样微生物区系的影响 |
| 1 试验材料和方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试剂配制 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.3.1 试验动物的分组 |
| 1.3.2 饲养管理 |
| 1.3.3 试验日粮 |
| 1.3.4 泌乳母猪生产性能的测定 |
| 1.3.5 泌乳母猪血清生化指标的测定 |
| 1.3.6 泌乳期母猪乳样营养指标的测定 |
| 1.3.7 泌乳母猪血清抗氧化指标的测定 |
| 1.3.8 断奶仔猪血清生化指标的测定 |
| 1.3.9 泌乳母猪日粮营养消化率的测定 |
| 1.3.10 对粪样微生物区系的影响 |
| 1.4 数据统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪生产性能的影响 |
| 2.2 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪血清生化指标的影响 |
| 2.3 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪乳样营养指标的影响 |
| 2.4 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对断奶仔猪血清生化指标的影响 |
| 2.5 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对母猪日粮代谢率的影响 |
| 2.6 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对粪样道微生物区系的影响 |
| 2.6.1 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对母猪粪样微生物区系的影响 |
| 2.6.2 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对仔猪粪样微生物区系的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪采食量和生产性能的影响 |
| 3.2 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪和断奶仔猪血清指标的影响 |
| 3.3 日粮中添加复合益生菌发酵中草药对母猪和仔猪粪样微生物区系的影响 |
| 4 小结 |
| 第四章 日粮中湿态发酵中药和豆粕对泌乳母猪生产性能影响 |
| 1 试验材料与方法 |
| 1.1 试验材料 |
| 1.2 试剂配制 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.3.1 试验动物的分组 |
| 1.3.2 饲养管理 |
| 1.3.3 试验日粮 |
| 1.3.4 泌乳母猪生产性能的测定 |
| 1.3.5 泌乳母猪血清生化指标的测定 |
| 1.3.6 泌乳母猪日粮营养代谢率的测定 |
| 1.3.7 断奶仔猪血清生化指标的测定 |
| 1.3.8 泌乳期母猪乳样营养指标的测定 |
| 1.3.9 泌乳母猪粪样中微生物活菌数和消化酶活的测定 |
| 1.4 数据统计分析 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕对泌乳母猪生产性能的影响 |
| 2.2 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕对泌乳母猪血清指标的影响 |
| 2.3 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕对泌乳期母猪日粮消化率的影响 |
| 2.4 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕对泌乳母猪乳成分营养指标的影响 |
| 2.5 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕对断奶仔猪血清生化指标的影响 |
| 2.6 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕对泌乳母猪粪样微生物和酶活的影响 |
| 3 讨论 |
| 3.1 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕对泌乳母猪生产性能的影响 |
| 3.2 日粮中添加湿态发酵中药和豆粕泌乳母猪血清和断奶仔猪血清指标的影响 |
| 4 小结 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| Abstract |
（4）大熊猫阴道微生物多样性及部分真菌生物学特性研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 上篇 文献综述 |
| 第一章 分子生态学技术在生殖道微生物群落结构领域的研究进展 |
| 1 DNA指纹图谱技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 1.1 T-RFLP技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 1.2 DGGE/TGGE在生殖道微生物中的进展 |
| 1.3 RAPD在生殖道微生物研究中的进展 |
| 1.4 AFLP在生殖道微生物中的进展 |
| 1.5 SSCP在生殖道微生物研究中的进展 |
| 2 核酸探针技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 2.1 荧光原位杂交技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 2.2 基因芯片技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 3 基于PCR的技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 3.1 实时荧光定量PCR技术在生殖道微生物研究中的进展 |
| 第二章 组学时代泌尿生殖道微生物研究进展 |
| 1 宏基因组学的产生背景 |
| 2 宏基因组中的泌尿生殖道微生物研究进展 |
| 2.1 女性阴道微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.2 女性尿液微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.3 男性泌尿生殖道微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.4 动物阴道微生物群落组成及多样性分析 |
| 2.5 宏基因组在检测阴道微生物分型中的应用 |
| 3 宏转录组研究阴道微生物群落功能 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 下篇 试验研究 |
| 第三章 454高通量测序研究大熊猫阴道细菌多样性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 主要仪器 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.1.3 大熊猫阴道样本的来源 |
| 1.1.4 大熊猫阴道样本的采集 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因组DNA抽提及鉴定 |
| 1.2.2 454焦磷酸测序 |
| 1.2.3 生物信息学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 样品采集结果 |
| 2.2 PCR预试验电泳检测 |
| 2.3 标准曲线 |
| 2.4 定量 |
| 2.5 统计分析结果 |
| 2.5.1 焦磷酸测序结果 |
| 2.5.2 OTU聚类分析 |
| 2.5.3 多样性分析(Alpha-diversity)结果 |
| 2.5.4 稀释性曲线(Rarefaction cuve)分析结果 |
| 2.5.5 Shannon-Wiener曲线分析结果 |
| 2.5.6 分类学分析(Taxonomy) |
| 2.5.7 群落结构分析(CommunityStructure) |
| 2.5.8 Heatmap |
| 2.5.9 PCA分析(Principal Component Analysis)结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 生物信息学分析讨论 |
| 3.2 产乳酸的微生物分析 |
| 3.3 产乳酸的微生物在生殖道中的作用 |
| 3.4 微生物引起大熊猫繁殖困难的可能原因分析 |
| 3.5 研究方法分析 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第四章 454高通量测序研究大熊猫阴道真核生物多样性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 主要仪器 |
| 1.1.2 材料 |
| 1.1.3 大熊猫阴道样本的来源 |
| 1.1.4 大熊猫阴道样本的采集 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 基因组DNA抽提及鉴定 |
| 1.2.2 454焦磷酸测序 |
| 1.2.3 PCR正式试验 |
| 1.2.4 荧光定量 |
| 1.2.5 生物信息学分析 |
| 2 结果 |
| 2.1 样品采集结果 |
| 2.2 PCR扩增结果 |
| 2.2.1 预试验9个样本DNA提取结果 |
| 2.2.2 重复试验12个样本DNA提取结果 |
| 2.3 标准曲线 |
| 2.4 定量 |
| 2.5 统计分析结果 |
| 2.5.1 焦磷酸测序结果 |
| 2.5.2 OTU聚类分析 |
| 2.5.3 多样性分析(Alpha-diversity)结果 |
| 2.5.4 稀释性曲线(Rarefaction curve)分析结果 |
| 2.4.5 shannon-Wiener曲线分析结果 |
| 2.5.6 分类学分析(Taxonomy) |
| 2.5.7 群落结构分析(Community Structure) |
| 2.5.8 Heatmap |
| 2.5.9 PCA分析(Principal Component Analysis)结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 生物信息分析结果 |
| 3.2 在各个水平上的分类 |
| 3.2.1 在门水平上的分类 |
| 3.2.2 在属水平上的分类 |
| 3.2.3 在种水平上的分类 |
| 3.3 大熊猫繁殖障碍相关微生物种群与致病性分析 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第五章 大熊猫阴道真菌的分离与鉴定 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 主要仪器 |
| 1.1.2 主要试剂 |
| 1.1.3 主要培养基 |
| 1.1.4 部分溶液的配制 |
| 1.1.5 PCR引物 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 采样 |
| 1.2.2 真菌的分离培养 |
| 1.2.3 真菌的形态学鉴定 |
| 1.2.4 真菌rDNA序列分析 |
| 1.2.5 测序鉴定 |
| 2 结果 |
| 2.1 霉菌的形态学特征 |
| 2.2 类酵母样真菌的形态学特征 |
| 2.3 酵母样真菌的形态学特征 |
| 2.4 电泳结果 |
| 2.5 真菌鉴定结果 |
| 3 讨论 |
| 3.1 大熊猫阴道可培养真菌种类组成分析 |
| 3.2 真菌鉴定方法对研究结果的影响 |
| 3.3 大熊猫阴道真菌种群及对繁殖的影响 |
| 3.4 大熊猫阴道样本中最常见真菌种群 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第六章 大熊猫阴道链格孢菌的生物学特性研究 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 试验菌株 |
| 1.2 主要仪器 |
| 1.3 培养基 |
| 1.4 生态因子对链格孢菌菌落生长的影响 |
| 1.4.1 不同培养基对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.2 不同温度对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.3 不同pH对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.4 不同碳源对链格孢菌生长的影响 |
| 1.4.5 不同氮源对链格孢菌生长的影响 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 生态因子对链格孢菌菌落生长的影响 |
| 2.1.1 不同培养基对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.2 不同温度对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.3 不同pH对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.4 不同碳源对链格孢菌生长的影响 |
| 2.1.5 不同氮源对链格孢菌生长的影响 |
| 3 讨论 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 第七章 大熊猫阴道链状假丝酵母菌的生物学特性 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 实验菌种 |
| 1.2 材料及器材 |
| 1.2.1 试验材料 |
| 1.2.2 器材 |
| 1.2.3 培养基 |
| 1.3 试验方法 |
| 1.3.1 菌种活化 |
| 1.3.2 菌落观察 |
| 1.3.3 菌体菌丝观察 |
| 1.3.4 生长曲线 |
| 1.3.5 芽管试验 |
| 1.3.6 链状假丝酵母菌的生化特性 |
| 2 试验结果 |
| 2.1 菌落形态 |
| 2.1.1 SDA培养基上的菌落形态 |
| 2.1.2 玉米培养基上的菌落形态 |
| 2.2 菌体 |
| 2.2.1 菌体形态 |
| 2.2.2 菌体大小 |
| 2.3 菌丝 |
| 2.3.1 假菌丝形态 |
| 2.3.2 真菌丝形态 |
| 2.3.3 链状假丝酵母菌假菌丝与真菌丝的特点 |
| 2.4 孢子 |
| 2.5 生长 |
| 2.5 芽管试验 |
| 2.6 链状假丝酵母菌的生化特性 |
| 2.6.1 碳源同化试验 |
| 2.6.2 糖酵解试验 |
| 2.6.3 尿素试验 |
| 2.6.4 耐放线菌酮试验 |
| 2.6.5 显色试验 |
| 3 讨论 |
| 3.1 菌体形态大小差异 |
| 3.2 假菌丝分枝点 |
| 3.3 菌体菌丝关系 |
| 3.4 生长过程 |
| 3.5 生化试验 |
| 小结 |
| 参考文献 |
| 全文总结 |
| 创新之处 |
| 攻读博士期间发表论文、成果、科研项目及参加学术会议 |
| 致谢 |
（5）深度测序技术检测益生菌产品菌株组成及16SrDNA序列（论文提纲范文）
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料、试剂与仪器 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 乳酸菌全基因组的提取 |
| 1.2.2 乳酸菌16S r RNA基因的扩增 |
| 2 结果与分析 |
| 2.1 16S rt LNA基因的扩增检测 |
| 2.2 基因序列分析 |
| 2.2.1 同一种产品标示菌株信息和实际测序信息比对 |
| 2.2.2 同一菌株在不同产品中所获得的序列信息比对 |
| 3 讨论 |
（6）延边烟区土壤微生态与烤烟质量关系研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 专业名词及符号说明 |
| 第一章 引言 |
| 1.1 研究背景 |
| 1.2 研究目的与意义 |
| 1.3 文献综述 |
| 1.3.1 植物根际微生态系统研究进展 |
| 1.3.2 微生物分子生态学研究方法 |
| 1.3.2.1 核酸分子(探针)杂交技术(Hydridization of the nucleic acid molecule/probe) |
| 1.3.2.2 荧光原位杂交技术(Fluorescence in situ hybridization,FISH) |
| 1.3.2.3 基于PCR技术的微生物生态分析方法 |
| 1.3.2.4 宏基因组学技术(Metagenomics technology) |
| 1.3.2.5 宏蛋白质组学技术(Metaproteomics technology) |
| 1.3.2.6 基因芯片技术(Microarray technology) |
| 1.3.2.7 高通量测序技术 |
| 1.3.3 我国植烟土壤微生物生态研究进展 |
| 1.3.3.1 植烟土壤微生物种类和数量 |
| 1.3.3.2 农艺措施对植烟土壤微生物影响 |
| 1.3.3.3 植烟土壤功能菌的研究和开发 |
| 1.4 论文主要研究内容和技术路线 |
| 1.4.1 主要研究内容 |
| 1.4.1.1 延边地区主要植烟土壤根际微生态研究 |
| 1.4.1.2 植烟土壤微生物16SrRNA文库构建 |
| 1.4.1.3 烟草根际可培养优势微生物对烟草生长和烟叶品质的影响研究 |
| 1.4.2 技术路线 |
| 参考文献 |
| 第二章 延边地区主要植烟土壤根际微生态研究 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 试验方法 |
| 2.2 结果与讨论 |
| 2.2.1 烟草根际土pH值和养分含量动态变化及其根际效应分析 |
| 2.2.2 烟草根际土酶活性动态变化及其根际效应分析 |
| 2.2.3 烟草根际土微生物数量动态变化及其根际效应分析 |
| 2.2.4 烟草根际微生态环境与烟叶化学成分典型相关分析 |
| 2.2.5 三种类型土壤烤后烟叶感官质量和化学成分 |
| 2.3 本章小结 |
| 参考文献 |
| 第三章 植烟土壤微生物16S rRNA文库构建 |
| 3.1 试验材料 |
| 3.2 试验方法 |
| 3.2.1 土壤总DNA提取方法 |
| 3.2.2 土壤总DNA的16S rRNA片段扩增PCR反应体系和扩增程序 |
| 3.2.3 构建16S rRNA文库及阳性克隆子筛选方法 |
| 3.2.4 16S rRNA文库测序结果和系统发育树分析 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 土壤微生物总DNA提取 |
| 3.3.2 16S rRNA基因片段PCR结果 |
| 3.3.3 植烟土壤微生物16S rRNA克隆文库构建结果分析 |
| 3.3.3.1 暗棕壤烟草根际土微生物16S rRNA克隆文库结果分析 |
| 3.3.3.2 暗棕壤烟草非根际土微生物16S rRNA克隆文库结果分析 |
| 3.3.3.3 白浆土烟草根际土微生物16S rRNA克隆文库结果分析 |
| 3.3.3.4 白浆土烟草非根际土微生物16S rRNA克隆文库结果分析 |
| 3.3.4 16S rRNA克隆文库在根际/非根际和土壤类型间的差异分析 |
| 3.3.4.1 16S文库覆盖率和未知微生物种类差异分析 |
| 3.3.4.2 16S rRNA克隆文库中各类群微生物差异分析 |
| 3.3.4.3 16S rRNA克隆文库中优势菌种差异分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 3.4.1 克隆文库覆盖率及未知微生物比例 |
| 3.4.2 两类土壤烟草根际/非根际土克隆文库差异 |
| 3.4.3 两种类型土壤16S rRNA克隆文库中优势菌种差异 |
| 参考文献 |
| 第四章 烟株根际土可培养优势菌对烟草生长和烟叶品质的影响 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 烟草根际优势菌筛选及鉴定方法 |
| 4.1.2 菌剂制备方法 |
| 4.1.3 漂浮育苗试验 |
| 4.1.4 盆栽试验 |
| 4.1.5 大田试验 |
| 4.1.6 数据分析方法 |
| 4.2 结果与讨论 |
| 4.2.1 优势菌群鉴定结果 |
| 4.2.2 优势菌群对烟苗生长和酶活力的影响 |
| 4.2.3 优势菌群对烟株生长和根系活力的影响 |
| 4.2.4 优势细菌对烟草生育期和烟叶品质的影响 |
| 4.3 本章小结 |
| 4.3.1 烟草根际可培养优势菌 |
| 4.3.2 烟草根际可培养优势菌对烟草生长和品质的影响 |
| 参考文献 |
| 第五章 结论与展望 |
| 5.1 结论 |
| 5.2 展望 |
| 个人简历 |
| 在学期间发表的学术论文 |
| 致谢 |
（7）妊娠期需氧菌性阴道炎与妊娠结局及母婴B族链球菌感染的相关性研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 缩略语/符号说明 |
| 前言 |
| 研究现状、成果 |
| 研究目的、方法 |
| 一、妊娠期需氧菌性阴道炎对妊娠结局的影响 |
| 1.1 对象与方法 |
| 1.1.1 研究对象 |
| 1.1.2 方法 |
| 1.1.3 诊断标准 |
| 1.1.4 治疗方法 |
| 1.1.5 治愈标准 |
| 1.1.6 随访 |
| 1.1.7 统计学方法 |
| 1.2 结果 |
| 1.2.1 不同孕期AV的临床症状 |
| 1.2.2 不同孕期AV孕妇阴道菌群的流行特征 |
| 1.2.3 不同孕期AV与正常孕妇妊娠结局的比较 |
| 1.2.4 治疗后的AV和未治疗的AV妊娠结局 |
| 1.3 讨论 |
| 1.3.1 妊娠期阴道菌群的变化 |
| 1.3.2 需氧菌性阴道炎(AV) |
| 1.3.3 妊娠期AV阴道菌群分析 |
| 1.3.4 妊娠期AV对母婴的危害 |
| 1.4 小结 |
| 1.5 附图 |
| 二、母婴感染B族链球菌血清型及基因型分析 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 试验材料 |
| 2.1.2 方法 |
| 2.2 结果 |
| 2.2.1 7 种常用抗生素对GBS的敏感性 |
| 2.2.2 抗血清效价的测定结果 |
| 2.2.3 母婴GBS血清分型 |
| 2.2.4 母婴配对GBS菌株血清型一致性分析情况 |
| 2.2.5 RAPD反应条件的优化和引物筛选结果 |
| 2.2.6 RAPD反应的可重复性 |
| 2.2.7 多态性分析 |
| 2.2.8 相似系数、遗传距离以及亲缘关系树状图生成 |
| 2.3 讨论 |
| 2.3.1 GBS耐药性 |
| 2.3.2 GBS血清型 |
| 2.3.3 RAPD与GBS基因型 |
| 2.4 小结 |
| 全文结论 |
| 论文创新点 |
| 第一部分参考文献 |
| 第二部分参考文献 |
| 发表论文和参加科研情况说明 |
| 综述 |
| 综述(一) |
| 综述(二) |
| 综述(一) 参考文献 |
| 综述(二) 参考文献 |
| 致谢 |
（8）四川腊肉和香肠加工贮藏过程中微生态系统的RAPD分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略词 |
| 第一章 前言 |
| 1.1 发酵肉制品 |
| 1.1.1 发酵肉制品的定义 |
| 1.1.2 发酵肉制品的种类 |
| 1.2 微生物在发酵肉制品中的作用 |
| 1.2.1 发酵肉制品中的常见微生物 |
| 1.2.2 微生物在发酵肉制品中的作用 |
| 1.3 发酵肉制品微生态研究进展 |
| 1.3.1 国外发酵肉制品微生态研究进展 |
| 1.3.2 国内发酵肉制品微生态研究进展 |
| 1.4 发酵肉制品微生态研究中存在的问题 |
| 1.4.1 发酵剂研究中存在的问题 |
| 1.4.2 传统微生物培养方法在微生态研究中的局限性 |
| 1.5 RAPD技术 |
| 1.5.1 RAPD技术的特点 |
| 1.5.2 RAPD-PCR的影响因素 |
| 1.5.3 RAPD技术在微生态研究中的研究进展 |
| 1.6 研究目的与意义 |
| 1.7 研究内容 |
| 1.8 技术路线 |
| 第二章 四川腊肉和香肠加工贮藏过程中的理化和微生物特性 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 实验材料 |
| 2.2.2 仪器与设备 |
| 2.2.3 实验方法 |
| 2.2.3.1 四川腊肉和香肠加工工艺 |
| 2.2.3.1.1 四川腊肉加工工艺 |
| 2.2.3.1.2 四川香肠生产配方及工艺流程 |
| 2.2.3.2 取样与样品处理 |
| 2.2.3.3 理化指标检测方法 |
| 2.2.3.4 微生物检测方法 |
| 2.2.3.5 数据分析 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 理化指标变化 |
| 2.3.1.1 四川腊肉和香肠加工贮藏过程中pH值的变化 |
| 2.3.1.2 四川腊肉和香肠加工贮藏过程中水分含量和水分活度的变化 |
| 2.3.3 四川腊肉和香肠加工贮藏过程中微生物的变化 |
| 2.4 本章小结 |
| 第三章 发酵肉制品总微生物DNA提取方法的研究 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 材料 |
| 3.2.1.1 发酵肉制品 |
| 3.2.1.2 主要试剂 |
| 3.2.1.3 引物 |
| 3.2.1.4 主要仪器 |
| 3.2.2 实验方法 |
| 3.2.2.1 DNA提取方法 |
| 3.2.2.2 DNA浓度及纯度测定 |
| 3.2.2.3 DNA电泳检测 |
| 3.2.2.4 RAPD-PCR扩增 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 DNA紫外分析 |
| 3.3.2 DNA电泳图谱 |
| 3.3.3 RAPD分析 |
| 3.4 本章小结 |
| 第四章 发酵肉制品总微生物RAPD扩增条件的优化及引物筛选 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 材料 |
| 4.2.1.1 发酵肉制品 |
| 4.2.1.2 试剂 |
| 4.2.1.3 仪器与设备 |
| 4.2.2 方法 |
| 4.2.2.1 发酵肉制品总微生物DNA提取 |
| 4.2.2.2 发酵肉制品微生物RAPD-PCR体系的选择 |
| 4.2.2.3 发酵肉制品微生物RAPD扩增条件的优化 |
| 4.2.2.4 RAPD扩增引物筛选 |
| 4.2.2.5 RAPD扩增产物的鉴定 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 总DNA质量检测 |
| 4.3.2 25μl和50μl体系PCR比较 |
| 4.3.3 发酵肉制品总微生物RAPD扩增条件的优化 |
| 4.3.3.1 Mg~(2+)浓度对扩增结果的影响 |
| 4.3.3.2 Taq DNA聚合酶对扩增结果的影响 |
| 4.3.3.3 引物用量对扩增结果的影响 |
| 4.3.3.4 dNTPs浓度对扩增结果的影响 |
| 4.3.3.5 模板DNA量对扩增结果的影响 |
| 4.3.440 条随机引物PCR扩增基因组DNA的指纹图谱 |
| 4.4 本章小结 |
| 第五章 四川腊肉和香肠加工贮藏中微生态系统的RAPD分析 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 材料 |
| 5.2.1.1 样品来源 |
| 5.2.1.2 试剂 |
| 5.2.1.3 仪器与设备 |
| 5.2.2 方法 |
| 5.2.2.1 四川腊肉和香肠总微生物DNA提取 |
| 5.2.2.2 RAPD-PCR扩增 |
| 5.2.2.3 PCR扩增产物的检测 |
| 5.2.2.4 数据统计及表达 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 香肠加工贮藏过程中微生物群落DNA序列多样性变化 |
| 5.3.1.1 香肠微生物群落DNA序列丰富度指数的变化 |
| 5.3.1.2 香肠微生物群落DNA序列修正丰富度指数的变化 |
| 5.3.1.3 香肠微生物群落DNA序列多样性指数的变化 |
| 5.3.1.4 香肠微生物群落DNA序列均匀度指数的变化 |
| 5.3.1.5 香肠微生物群落DNA序列灰度值的变化 |
| 5.3.2 腊肉加工贮藏过程中微生物群落DNA序列多样性变化 |
| 5.3.2.1 腊肉微生物群落DNA序列丰富度指数和修正丰富指数的变化 |
| 5.3.2.2 腊肉微生物群落DNA序列多样性指数及均匀度指数的变化 |
| 5.3.2.3 腊肉加工贮藏过程中微生物群落DNA序列灰度值的变化 |
| 5.3.3 RAPD与传统微生物培养法分析微生态结果比较 |
| 5.4 本章小结 |
| 第六章 全文结论与展望 |
| 6.1 研究结论 |
| 6.2 论文的创新点 |
| 6.3 展望 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 |
（9）应用微生物分子生态学方法研究对虾肠道细菌组成及其变化规律（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 目录 |
| 1 绪论 |
| 1.1 微生态制剂在水产养殖中的应用 |
| 1.1.1 微生态制剂的定义和类型 |
| 1.1.2 微生态制剂的作用机理 |
| 1.1.3 微生态制剂在水产养殖中的应用 |
| 1.2 微生态分子生态学和微生物多样性的研究方法 |
| 1.2.1 微生物分子生态学 |
| 1.2.2 微生物多样性的研究方法 |
| 1.2.3 分子生物学技术的优缺点 |
| 1.3 水产动物肠道微生物的研究进展 |
| 1.3.1 水产动物肠道微生物的作用 |
| 1.3.2 水产动物肠道微生物的研究进展 |
| 1.4 本研究的内容、意义和创新点 |
| 1.4.1 研究内容和意义 |
| 1.4.2 创新点 |
| 1.4.3 技术路线 |
| 2 肠道微生物DNA的提取方法 |
| 2.1 材料与方法 |
| 2.1.1 样品的采集 |
| 2.1.2 DNA提取方法 |
| 2.1.3 DNA浓度测定和电泳检测 |
| 2.1.4 肠道微生物DNA的PCR检测 |
| 2.2 结果与分析 |
| 2.2.1 DNA纯度及浓度检测 |
| 2.2.2 PCR产物电泳 |
| 2.3 讨论 |
| 3 南美白对虾肠道微生物多样性研究的PCR-DGGE方法的建立 |
| 3.1 材料与方法 |
| 3.1.1 材料 |
| 3.1.2 DNA的提取 |
| 3.1.3 PCR扩增 |
| 3.1.4 变性梯度凝胶电泳(DGGE) |
| 3.1.5 DGGE图谱分析 |
| 3.2 结果和分析 |
| 3.2.1 总DNA的抽提 |
| 3.2.2 16S rDNA片段的扩增 |
| 3.2.3 DGGE分离PCR产物 |
| 3.2.4 DGGE图谱分析 |
| 3.3 讨论 |
| 3.3.1 DNA的提取 |
| 3.3.2 16S rDNA片段的扩增 |
| 3.3.3 DGGE分离PCR产物 |
| 3.3.4 DGGE图谱分析 |
| 3.4 结论 |
| 4 中国明对虾肠道微生物组成 |
| 4.1 材料与方法 |
| 4.1.1 实验材料 |
| 4.1.2 实验方法 |
| 4.2 结果与分析 |
| 4.2.1 16S rDNA V3区DGGE分析 |
| 4.2.2 DGGE图谱中主要条带的分子鉴定 |
| 4.2.3 16S rDNA克隆文库测序和分析 |
| 4.2.4 系统发育进化树 |
| 4.3 讨论 |
| 4.4 结论 |
| 5 日本囊对虾肠道微生物组成 |
| 5.1 材料与方法 |
| 5.1.1 实验材料 |
| 5.2 结果与分析 |
| 5.2.1 16S rDNA克隆文库分析 |
| 5.2.2 16S rRNA基因序列系统进化分析 |
| 5.3 讨论 |
| 5.4 结论 |
| 6 芽孢杆菌和氟苯尼考对日本囊对虾肠道微生物的影响 |
| 6.1 材料和方法 |
| 6.1.1 实验材料 |
| 6.1.2 实验方法 |
| 6.2 结果与分析 |
| 6.2.1 应用PCR-DGGE法研究芽孢杆菌和氟苯尼考对日本囊对虾肠道微生物区系的影响(实验一) |
| 6.2.2 芽孢杆菌对日本囊对虾肠道微生物区系组成的影响(实验二) |
| 6.3 讨论 |
| 7 柠檬酸对日本囊对虾肠道微生物的影响 |
| 7.1 材料与方法 |
| 7.1.1 实验材料 |
| 7.1.2 实验方法 |
| 7.2 结果与分析 |
| 7.3 讨论 |
| 8 复合微生态制剂产品中优势菌的鉴定 |
| 8.1 材料与方法 |
| 8.1.1 实验材料 |
| 8.1.2 实验方法 |
| 8.2 结果与分析 |
| 8.2.1 总DNA的抽提 |
| 8.2.2 16S rDNA片段的扩增 |
| 8.2.3 DGGE分离PCR产物 |
| 8.2.4 序列的BLAST分析 |
| 8.3 讨论 |
| 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 博士在读期间文章撰写、发表情况 |
| 致谢 |
（10）感染猪的肠球菌生物学特性研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| 文献综述 |
| 1. 肠球菌研究概况 |
| 2. 肠球菌的鉴定 |
| 3. 16S rRNA 研究方法概况 |
| 4. 随机扩增多态性DNA(RAPD)及对病原微生物的检测与鉴定 |
| 引言 |
| 试验一 感染猪的肠球菌部分表型研究 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 结论与讨论 |
| 试验二 感染猪的肠球菌16S rRNA 序列分析 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 结论与讨论 |
| 实验三 感染猪的肠球菌随机扩增多态性DNA基因分型研究 |
| 1. 材料 |
| 2. 方法 |
| 3. 结果与分析 |
| 4. 结论与讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 英文摘要 |
| 发表论文 |
四、应用RAPD技术鉴别微生态菌种（论文参考文献）
- [1]原料奶中嗜冷菌的潜在危害研究 ——基于腐败特性及其生物被膜形成的角度[D]. 袁磊. 浙江大学, 2020(01)
- [2]鼠李糖乳杆菌生长代谢特性与多位点序列分型的相关性研究[D]. 张玉律. 扬州大学, 2019(02)
- [3]复合益生菌发酵中草药对泌乳母猪生产性能和粪样微生物区系的影响[D]. 金顺义. 河南农业大学, 2017(01)
- [4]大熊猫阴道微生物多样性及部分真菌生物学特性研究[D]. 马晓平. 南京农业大学, 2014(07)
- [5]深度测序技术检测益生菌产品菌株组成及16SrDNA序列[J]. 杨捷琳,袁辰刚,窦同海,丁小磊,潘良文. 食品科学, 2013(20)
- [6]延边烟区土壤微生态与烤烟质量关系研究[D]. 殷全玉. 郑州大学, 2013(04)
- [7]妊娠期需氧菌性阴道炎与妊娠结局及母婴B族链球菌感染的相关性研究[D]. 朱艳宾. 天津医科大学, 2013(01)
- [8]四川腊肉和香肠加工贮藏过程中微生态系统的RAPD分析[D]. 秦丹. 四川农业大学, 2011(05)
- [9]应用微生物分子生态学方法研究对虾肠道细菌组成及其变化规律[D]. 刘淮德. 中国科学院研究生院（海洋研究所）, 2010(10)
- [10]感染猪的肠球菌生物学特性研究[D]. 程金平. 河南农业大学, 2009(06)