一、基因芯片及其应用（论文文献综述）
刘玉峰,许肈初,马海燕[1]（2021）在《基因芯片技术在中药现代化研究中的应用进展》文中进行了进一步梳理高通量基因芯片技术是一种高度集成化的分析和研究技术,是进行药物基因组学研究的主要平台.而中药是中华民族的宝藏,已有几千年的发展历史,将基因芯片技术应用到中药研究中是中医全息性思维的体现,会从根本上改变长期以来人们对中药的认识层次和研究手段,是中药研究领域中一次具有深远意义的改革,将为中药现代化的发展提供新的途径.近年来,国内外已有一些将基因芯片技术应用到中药研究的报道,从中医传统思维的角度探讨基因芯片技术应用在中药现代化研究,讨论利用基因芯片进行中药有效成分筛选及新药研发、中药作用机理研究、中药复方研究、中药质量控制及安全性评价、中药基因组学研究和药效变化方面的应用,为中药现代化研究提供参考.
李元曦[2]（2020）在《可视化猪瘟、非洲猪瘟及猪非典型瘟基因芯片鉴别诊断方法的建立》文中进行了进一步梳理CSF和ASF是由CSFV及ASFV所引起的接触性高、致死率高的传染病。APPV可引起A-II型仔猪先天性震颤,该病具有传染性,严重时可导致仔猪死亡。CSFV、ASFV及APPV对养猪业的危害巨大,所以对其进行流行病学检测及临床快速诊断具有重要意义。目前检测这三种疾病的方法主要是依靠分子生物学方法及血清学方法,而且检测CSFV时还存在难以区分野毒和疫苗弱毒这一临床诊断难题。这些方法往往指标单一、且操作费时费力,难以适用于高通量样本的快速检测。本研究建立了一种针对这3种疫病病原进行鉴别诊断的可视化基因芯片检测方法。研究内容如下:1.引物探针的设计:根据Gen Bank中登录的ASFV的保守序列P72基因、CSFV的保守序列5’UTR端和NS5B蛋白基因、APPV的5’UTR序列,设计各病毒特异性的检测引物及基因探针。同时利用设计好的引物扩增各病原核酸的基因片段,并克隆合成阳性质粒作为标准品。2.可视化猪瘟野毒与疫苗弱毒基因芯片鉴别检测方法的建立:设计高特异性的引物与探针,利用生物素标记克隆出的靶位基因片段后与探针特异性杂交,在与辣根过氧化物酶标记的链霉素结合放大杂交信号后,通过TMB化学沉淀反应显色后凭肉眼观察判定结果。优化反应条件,并对芯片的特异性、灵敏度、稳定性、符合率等进行试验评价。试验结果显示:该芯片具特异性强且稳定性高。对于CSFV野毒和疫苗的质粒标准品单一检测灵敏度可达6.98拷贝/μL和6.92×101拷贝/μL,对于同一阳性质标准品,芯片重复性达100%。检测177份临床样本,结果与国标猪瘟病毒RT-n PCR检测方法（GB/T 26875-2018）相比较,总体符合率为99.43%。3.可视化CSFV、ASFV及APPV基因芯片鉴别检测方法的建立:在CSF野毒与疫苗鉴别诊断基因芯片的基础上,通过优化各引物用量和反应条件,建立了上述病原可视化的基因芯片鉴别检测方法。结果显示,该方法只检测CSFV、ASFV及APPV,对其它10种猪源病毒均不检测,特异性强;对于ASFV质粒标准品单一检测时灵敏度为1.92拷贝/μL;APPV质粒标准品的单一检测灵敏度为1.86×101拷贝/μL;混合联检时灵敏度达到了2.43×102拷贝/μL。对于同一样品,相同批次和不同批次的芯片均检测结果重复性达99.56%。保存期试验结果表明该芯片可在4℃条件下保存240 d。对219份临床样本进行检测,并且与标准检测方法相比较,总体符合率达到了99.08%。本研究建立的可视化基因芯片检测方法,其特异性强、灵敏度高且检测结果直观,判定简便,可在2小时内完成对3种猪重要疫病的鉴别检测。在基层开展猪传染病的流行病学监测乃至我国猪病的防控和净化方面具有良好的应用前景。
姚潮刚[3]（2020）在《基于GEO公共数据挖掘影响猪脂肪沉积的基因表达模式与鉴定》文中指出肌内脂肪（Intramuscular fat,IMF）和皮下脂肪是猪的两个重要的肉质相关性状。肌内脂肪含量影响p H值、肉色、嫩度、气味等相关肉质性状,而皮下脂肪也与猪肉质性状和经济价值相关联。众所周知,我国地方猪种脂肪沉积能力强于外来引进猪种,其肉质也较好,受到消费者青睐。此外,脂肪沉积受到多基因、信号通路和Lnc RNAs的调控。研究不同猪种脂肪沉积分子机制,为猪的育种提供理论基础。GEO数据库是世界上最大的公共数据库,并对使用者免费开放。通过对GEO数据库与猪相关的基因芯片和RNA-seq数据进行数据整合和再分析,有利于阐明不同猪种脂肪沉积的分子机制。在本研究中,通过对大白猪和我国地方猪种的背最长肌（longissimus dorsi,LD）GEO数据进行分析,我们筛选出了AMPK、PPAR和脂肪酸代谢三个与猪IMF沉积相关的信号通路。q RT-PCR芯片检测发现:在大白猪LD中,AMPK信号通路中与脂肪酸氧化相关基因表达上调,PPAR信号通路中与脂肪酸氧化和转运相关基因表达上调,脂肪酸代谢信号通路中与脂肪酸分解和氧化相关基因表达上调,此外,与脂肪酸合成相关基因表达下调。这些结果说明AMPK、PPAR和脂肪酸代谢通路是导致大白猪LD中IMF含量降低的主要因素。与此同时,我们还通过western blot技术检测了AMPK,LKB1,Ca MKK2,CPT1A和ACC1蛋白表达变化。结果表明,在大白猪的LD肌肉中,这几个蛋白的表达趋势与相应的基因表达模式一致。在本研究中,通过分析大白猪和我国地方猪种皮下脂肪组织的GEO数据,我们筛选出了核糖体、代谢通路和氧化磷酸化通路。通过q RT-PCR芯片对三个通路相关基因进行表达定量,结果发现在大白猪中皮下脂肪组织中,核糖体通路共有11个基因表达上调,代谢通路有5个基因表达上调,氧化磷酸化通路有4个基因表达上调,说明这三个信号通路参与调控大白猪皮下脂肪沉积。在本研究中,通过利用RNA-seq数据挖掘脂肪沉积相关Lnc RNAs。在LD中鉴定出一个与IMF沉积相关的Lnc RNA（NONSUST005598.1）,在皮下脂肪组织中鉴定出三个与皮下脂肪沉积相关的Lnc RNAs（NONSUST011681.1、NONSUST018163.1和NONSUST011273.1）。综上所述,本研究以不同猪种为研究对象,分析了影响猪脂肪沉积的基因、信号通路和Lnc RNAs,旨在为以后猪的育种提供更多的理论基础。
赵志达[4]（2020）在《湖羊养殖技术优化与应用》文中进行了进一步梳理湖羊是我国特有的绵羊品种,具有早熟、常年发情、产多羔、泌乳性能好、生长发育快、适应性强等优良性状,收录于《国家级畜禽遗传资源保护目录》中,是我国一级保护地方畜禽品种。目前,我国湖羊育种、营养、管理等方面与羊业发达国家存在一定差距。因此,如何开展湖羊育种工作、优化湖羊养殖技术以及提高湖羊生产水平是该产业发展中亟需解决的问题。本研究通过设计湖羊基因组选择育种方案,同时开展湖羊家系鉴定试验,湖羊35日龄早期断奶试验及反刍专用甜菜碱对寒旱地区湖羊生长发育的影响试验,旨在利用协同育种技术,通过育种、管理、营养等手段,发掘湖羊生长潜力,为湖羊产业发展提供一定的参考与借鉴。具体如下:（1）设计了试验场湖羊基因组选择的育种方案,包括制定育种目标、规范生产性能测定、组建用于基因组选择的参考群与候选群、制定样品采集方案和技术规范、选择合适的算法与验证方法等,为试验场下一步开展基因组选择育种工作提供了一定的基础。（2）使用9个微卫星标记,利用Nei氏遗传距离对30只湖羊种公羊进行家系鉴定。结果表明,当双亲基因型未知时9个微卫星的单亲累积排除概率为99.6072%,当单亲基因型已知时9个微卫星位点的单亲累积排除概率为99.8808%,当双亲基因型未知时9个微卫星位点的双亲累积排除概率为99.9999%,排除概率能够满足遗传育种中亲子鉴定和系谱分析的要求,根据Nei氏遗传距离构建UPGMA聚类图,将30只种公羊划分为6个家系,提供了一种湖羊家系鉴定的方法,对湖羊保种与育种工作具有一定的应用价值。（3）湖羊35日龄早期断奶试验选用相同日龄、体重接近的7日龄湖羊羔羊104只,以不同的饲养方式分为对照组与试验组。对照组将羔羊与母羊饲养在同一圈舍中,另设0.5个圈舍作为羔羊采食圈,该圈舍仅羔羊可以通过特殊通道进入采食,羔羊在40日龄断奶;试验组将羔羊与母羊饲养在同一圈中,不再另设羔羊圈舍,但安装一个仅羔羊可以采食的饲喂槽,羔羊在35日龄断奶。结果表明两组羔羊的体重在7日龄、35日龄、40日龄和60日龄时差异不显着（P>0.05）,在14日龄、21日龄和28日龄时试验组体重显着高于对照组体重（P<0.05）。7日龄14日龄试验组羔羊增重高于对照组,35日龄40日龄对照组羔羊增重高于试验组,均达到极显着水平（P<0.01）,21日龄28日龄试验组羔羊增重高于对照组,达到显着水平（P<0.05）,但在14日龄21日龄、28日龄35日龄、40日龄60日龄和7日龄60日龄差异不显着（P>0.05）。试验组羔羊断奶时成活率为92.31%,对照组为88.89%。试验组饲养模式可实现湖羊羔羊35日龄断奶,对促进羔羊早期生长和提高断奶成活率具有积极的意义。（4）反刍专用甜菜碱对寒旱地区湖羊生长性能的影响试验以252只湖羊育肥公羊为研究对象,分成对照组和试验组,对照组饲喂基础饲草料,试验组精饲料中按2.5 kg/t比例添加反刍专用甜菜碱,记录初始和终末体重,共90天。此外,从对照组和试验组中各选取3个体重水平的重复（低L、中M、高H）,每30天称重一次。结果表明试验组终末体重高于对照组,但无显着性差异（P>0.05）。试验组平均日增重极显着高于对照组（P<0.01）。试验组料肉比显着低于对照组（P<0.05）。低、中、高三个体重水平试验组终末体重均高于对照组,但差异不显着（P>0.05）。试验组L在0天30天和30天60天的平均日增重均高于对照组L,但差异不显着（P>0.05）,在60天90天的平均日增重低于对照组L,差异不显着（P>0.05）。试验组M在0天30天的平均日增重显着高于对照组M（P<0.01）,30天60天的平均日增重高于对照组M,差异不显着（P>0.05）,60天90天的平均日增重略低于对照组M,差异不显着（P>0.05）。试验组H 0天30天和30天60天的平均日增重高于对照组H,但差异不显着（P>0.05）,60天90天的平均日增重略低于对照组H,差异不显着（P>0.05）。湖羊育肥期生长速度呈先快后慢的趋势,反刍专用甜菜碱对湖羊生长发育具有促进作用,能够极显着提高平均日增重,同时显着降低料肉比,但对中、低体重水平和0天60天育肥阶段湖羊生长性能的促进效果更佳。综上所述,本研究完成了对试验场基因组选择育种方案的设计,并通过Nei氏遗传距离将种公羊划分为6个家系,为开展基因组选择育种工作提供必要的基础条件。湖羊羔羊在新的哺乳期饲养模式可以实现35日龄早期断奶。反刍专用甜菜碱对湖羊生长发育具有促进作用,且在不同体重水平和育肥阶段中效果不同。
乔贤[5]（2020）在《绒山羊SNP芯片设计及重要经济性状全基因组关联分析研究》文中研究指明随着高通量测序技术的发展,大规模基因分型技术的成本大幅降低,使得高通量SNP芯片在动物育种中的应用成为可能。基因芯片技术的日益更新为全基因组关联分析在育种中的应用提供了有效的工具。依托基因芯片和全基因组关联分析发掘的高通量分子遗传标记,建立参考群,可进行准确的基因组育种值估计,为将来精准的基因组选择的应用推广奠定了坚实的基础。内蒙古绒山羊是经过长期自然选择和人工选择培育出的绒肉兼用型优良地方畜种,因其高产绒量、优质的绒毛品质、稳定的遗传性能而闻名。绒毛品质性状是微效多基因控制的数量性状,遗传力较低,测量繁琐,很难通过传统的育种值估计选育的方法进行快速的选育提高。通过全基因组关联分析,将利用SNP芯片基因分型测序所得SNP与细度性状记录相结合,旨在探索山羊绒细度变异的遗传机理,开发与超细绒性状密切相关的SNP和基因,充分发掘绒山羊种质资源优势,从全基因组水平研究和发掘一批与绒毛性状相关的具有自主知识产权的基因组遗传资源信息,为我国绒山羊的保护和利用提供有力参考依据,为超细绒山羊的改良和培育提供新的理论依据和基因组遗传资源。本研究基于第二代高通量测序技术,对我国着名的地方品种（内蒙古绒山羊与辽宁绒山羊）进行了全基因组重测序,并结合国内、外其他山羊品种的38个个体的基因组数据,首次使用目标富集策略设计动物SNP芯片,成功获得了山羊66K捕获芯片。为检验芯片对绒山羊重要经济性状研究上的效力,对内蒙古绒山羊（二狼山型）进行了重要经济性状相关的全基因组关联分析,对获得的候选SNP位点进行了基因功能注释和生物学功能挖掘等分析。主要研究结果如下:1.基于第二代高通量测序技术对我国着名绒山羊品种73只个体进行全基因组重测序,所有样品共检测到5.52 M单核苷酸变异（SNPs）和710,600个插入缺失（Indels）,其中约有87.25%SNP为新发现的遗传变异。通过对这些高质量SNP遗传标记进行分析筛选,可用于后续绒山羊SNP芯片的遗传标记的开发。2.利用绒山羊的重测序数据及国、内外其他山羊品种的38个个体的基因组数据,基于全基因组捕获测序策略,进行绒山羊66K SNP芯片设计,并建立起一套基于液相杂交技术的芯片设计的思路技术流程,可供其它物种SNP芯片设计借鉴。3.建立了 SNP捕获型芯片通用分析流程,成功利用绒山羊66K SNP芯片实现了低成本全基因组捕获测序,并获得来自423个体的161,125高质量SNP数据集,可用于后续的GWAS研究。4.针对内蒙古绒山羊（二狼山型）羊绒细度性状进行全基因组关联分析研究,对筛选得到的排名前26位SNP位点进行KEGG分析,筛选出4个SNP位点所在基因AKT1、ALX4、HK1、NT-3可作为绒毛细度性状的候选基因进行进一步的研究。MALDI-TOF-MS检测GWAS结果中随机筛选48个SNP位点,结果显示,其中1个SNP位点与细度性状显着相关,可以佐证说明GWAS结果较为可靠,该芯片可以应用于绒山羊重要经济性状的相关研究。
张家林[6]（2020）在《新型细菌电化学传感器的构建及其应用研究》文中认为由病原微生物引发的疾病已成为严重威胁人类身体健康的疾病之一。破伤风、伤寒、溶血性尿毒综合症、肺炎和肺结核等疾病均是由细菌感染导致的。例如,在发展中国家,由大肠杆菌污染引发的食源性疾病,导致每年约150万儿童出现腹泻,约2%～7%的病人甚至发展成溶血性尿毒综合症。而结核分枝杆菌感染导致的结核病,在2015年造成大约180万人死亡。开发快速、灵敏的细菌检测方法是降低疾病传播率和死亡率的关键之一。然而,传统的细菌检测方法如培养法耗时过长。近年来在分子生物学、免疫学技术和现代分析仪器基础上发展了各种新技术,这些细菌检测技术在灵敏度和准确性方面都得到很大的提升,但是这些技术依然面临各种缺陷。因此,需要发展简单、低成本、快速和灵敏的方法用于细菌检测。16S rDNA序列的构成包括恒定区域以及可变区域,恒定区域高度保守,可用于细菌通用检测。可变区域序列因不同细菌而异,可用于物种分型,在苛养菌和缓慢生长菌株的分离鉴定方面具有明显优势。基于16S rDNA序列检测的一些方法,如实时定量PCR（qPCR）、荧光和测序,已被用于细菌的快速、灵敏检测。然而,这些方法成本相对昂贵,限制了它们在发展中国家的应用。电化学生物传感器以其成本低、易于推广应用等优点而备受关注。该传感器系统能够通过将电极对之间的核酸杂交事件转换为可测量的电信号来实现核酸的检测。与先进半导体技术兼容性好,易集成化、规模化以及小型化等优势,使其有望发展成为核酸高效检测的方法之一。近年来,多通道串联式压电传感器（MSPQC）因为其高灵敏度、低成本和易于操作等优点,在病原体诊断领域受到广泛关注。本课题组设计了一系列基于MSPQC检测的生物传感器来实现细菌的灵敏检测,但由于检测的对象或基于培养过程的代谢产物,或基于抗原CFP10-ESAT6,仍无法克服培养法和免疫法的弊端。基于此,本课题以细菌的快速检测作为研究方向,以大肠杆菌、结核分枝杆菌等重要病原菌16S rDNA特异性序列作为检测对象,基于金纳米粒子和功能性纳米材料Ti3C2 MXenes,结合酶催化放大技术、目标物循环放大技术和纳米粒子介导信号放大等生物信号放大策略,在开发成本低廉、快速、简单和灵敏的新型16S rDNA细菌传感器上开展了以下研究工作:（1）构建了基于纳米间隙网络电极的生物传感平台。纳米间隙网络电极制备过程简单,成本低廉。由于电极具有较大的比表面积,显示了较高的目标捕获能力。它能显着降低检测下限。同时,由于其电极间隙较小,构造的生物传感平台的检测灵敏度较高。在DNA检测中表现了好的错配灵敏度。作为一个发展潜力大的传感平台,结合各种生物信号放大策略和功能性纳米材料的应用,为开发成本低廉、快速、简单和灵敏的生物传感器用于病原菌检测提供了新的途径。（2）构建了基于酶靶向引导聚苯胺沉积的16S rDNA纳米间隙网络电化学传感器用于大肠杆菌的快速检测。该电化学传感器是以大肠杆菌16S rDNA为靶生物标记物,以寡核苷酸探针和纳米间隙网络电极为传感元件,来实现大肠杆菌的快速灵敏检测。在金叉指电极（IDE）的基底上,通过硫醇化肽核酸（PNA）探针将金纳米粒子相互连接,制备成纳米间隙网络电极。在细菌特异性16S rDNA片段的存在下,PNA捕获探针与片段的5’端杂交,辣根过氧化物酶（HRP）修饰的检测探针与片段3’端杂交。检测探针上连接的HRP酶催化苯胺沿着目标链进行聚合。由聚苯胺在金纳米颗粒间的沉积引起的导电连接为网络电极之间提供了电导响应。因此,大肠杆菌被检测出来,检出限为100 CFU/m L,检测时间小于3 h,该方法有望广泛应用于大肠杆菌的快速检测。（3）构建了一种新的酶循环信号放大的16S rDNA MSPQC压电传感器用于结核分枝杆菌快速检测的方法。该方法以结核分枝杆菌的16S rDNA的特异性序列片段作为结核分枝杆菌的检测靶标,设计与靶标序列片段杂交的DNA捕获探针并修饰到金纳米粒子上;通过Exo III对双链DNA识别,选择性地剪切AuNPs表面与靶标结合的捕获探针;释放出的完整靶片段可与AuNPs表面上的下一个DNA捕获探针进行杂交,杂交后的捕获探针再次被Exo III从AuNPs表面剪下来;由此循环,直至修饰在金纳米颗粒表面上的DNA探针全部被去除,从而得到表面全部被暴露的金纳米颗粒。裸露的金纳米粒子在葡萄糖和HAuCl4溶液中通过自催化生长反应,在纳米间隙网络电极之间形成导电连接,放大了结核分枝杆菌传感器的频移信号。此法的检测限为20 CFU/m L,检测时间小于3 h。有望取代现有的结核分枝杆菌检测方法而得到广泛应用。（4）作为一种新的无机高性能导电的纳米材料,MXenes已经受到越来越多的关注,并成为研究热点。本研究以结核分枝杆菌H37Ra的16S rDNA为检测靶标,通过Ti3C2 MXenes放大电信号,构建了一种新的电化学结核分枝杆菌传感器。在金叉指电极的基底上,硫醇化PNA探针与相邻的金纳米粒子连接,形成PNA-AuNPs纳米间隙电极。PNA探针和结核分枝杆菌16S rDNA靶片段进行杂交,利用锆离子为交联剂,将Ti3C2 MXenes和靶标片段连接在一起。导电Ti3C2MXenes沿着杂交的目标片段排列,桥接纳米间隙电极中断的AuNPs的间隙,引起电极之间电导的变化,实现对结核分枝杆菌16S rDNA靶片段检测。该法对结核分枝杆菌检测的检出限为20 CFU/m L,检出时间为2 h,有望在结核分枝杆菌的快速检测中得到应用。（5）构建了一种AuNPs介导酶辅助靶循环的MSPQC传感器用于结核分枝杆菌的快速检测。通过I和II段DNA探针相互杂交并形成在I段DNA的3’端有突出的颈环结构。当存在结核分枝杆菌特异性的16S rDNA靶片段时,目标DNA打开颈环结构并与I段探针DNA进行杂交,形成在目标DNA 3’端有突出的双链DNA。因为Exo III的选择性,Exo III可以识别钝的3’端并将I段探针DNA消化。目标DNA和II段DNA探针被释放,目标DNA与另一个颈环探针杂交。因此,在Exo III辅助下通过目标DNA的循环导致大量的II段DNA探针的产生。随后II段DNA探针与金电极上的修饰捕获探针、AuNPs标记的信号探针杂交,AuNPs被拉到电极表面。加入HAuCl4和NADH溶液后,溶液中的金离子被还原后沉积在AuNPs表面实现AuNPs生长,在电极之间形成导电连接,从而实现了MSPQC传感器对结核分枝杆菌检测频移响应信号的放大。此法对结核分枝杆菌的检测限为30 CFU/m L,检测时间小于3 h。
陈龙飞[7]（2019）在《基于RNA-Seq数据的害虫抗药性检测平台FastD的研发及其应用》文中研究说明害虫常给农业生产和人类健康造成巨大的危害。尽管IPM已经提出来很多年,但是对于害虫的防治依然主要依赖化学杀虫剂,长期不正确地使用杀虫剂,导致害虫种群发展出了抗药性。抗药性的产生会导致农药的防效下降甚至丧失,为保证防治效果,通常会使用更多的农药,由此形成恶性循环,造成更大的危害。抗药性检测是抗药性研究和治理的工作基础,但传统的抗药性检测技术操作复杂,检测通量低,实践中迫切需要研发简便高效的抗药性检测新技术。害虫抗药性产生的两大主要机制是靶标抗性和代谢抗性,前者主要是靶基因突变,后者主要是解毒酶的表达量变化,此外,有些抗药性还涉及到靶基因表达量和解毒酶亲和力的变异,以及药剂的吸收和排泄能力的变化。转录组数据中不仅有基因序列信息,还有基因编码区SNP信息和基因表达量信息。因此,转录组数据可应用于检测杀虫剂靶基因不同位点的抗药性突变,以及解毒酶基因的表达量。本文在前期工作的基础上,对前期研发的抗药性单因素检测方法进行了检验和优化,研发了综合的检测方法和在线分析平台,并进行了应用验证。现将取得的主要研究结果总结如下:1.ACE程序检测抗药性突变的应用验证实验室前期根据害虫的靶标抗性机制和转录组数据的特点,研发了基于转录组数据进行乙酰胆碱酯酶抗性突变检测的程序ACE。本研究利用抗性情况已知的3种昆虫8个种群的转录组数据,对ACE程序检测抗药性突变进行了应用验证。结果显示,利用ACE程序检测到3种昆虫中的3个靶基因抗性突变,其中在家蝇（Musca domestica）2个抗性种群中检测到不同频率的ace2上G227A突变,但敏感种群中没有;在白纹伊蚊（Aedes albopictus）的2个种群中均未检测到抗性相关突变;在小菜蛾（Plutella xylostella）的3个种群中,一个抗性种群和一个敏感种群的ace1上都检测到了 A201S和G227A突变,只是频率不同,而另一个敏感种群中没有发现突变。经过克隆验证和抗药性对比分析,发现小菜蛾敏感种群CHR中,确实存在（频率分别为0.183和0.183）上述2个抗药性突变,由此证明使用ACE程序能够对种群的抗性突变频率进行较为准确地检测,但检测的靶标突变频率并不能充分反映种群的抗药性状况,显示了单基因检测抗药性的局限性。2.害虫抗药性综合检测程序FastD的研发实验室前期研发的乙酰胆碱酯酶抗药性突变检测程序ACE是基于转录组数据专门进行抗性分子检测的第一个程序,上一章已经证实ACE程序虽然能对害虫种群中乙酰胆碱酯酶上抗性突变进行准确检测,但仅根据靶标基因上的突变频率并不能充分反映害虫种群的抗药性状况。害虫抗药性的主要机制涉及到靶标不敏感性和代谢解毒能力增强,因此,监测种群中抗药性状况,至少应该同时检测杀虫剂靶标的突变和解毒代谢酶的表达量。基于此,本研究对4类杀虫剂靶标抗性突变进行了挖掘,构建了突变图谱,同时收集了 124种昆虫的上述4类靶标基因序列和解毒代谢酶基因序列（包括三类重要的解毒代谢酶家族P450、GST和CCE）。根据这些数据研发了能够同时检测4种杀虫剂靶标突变和3类解毒代谢酶表达量的综合检测程序FastD,并为FastD程序构建了在线分析平台。FastD程序具有操作简单、运行速度快等优点,能够利用转录组数据对害虫种群不同靶标抗性突变和不同解毒代谢酶表达量进行检测,通过综合靶标抗性突变频率和解毒酶表达量变化反映种群中多重抗性的发生情况。3.害虫抗药性检测程序FastD的应用验证本研究通过使用新创建的FastD程序同时检测3种昆虫7个种群转录组中的靶标抗性突变和解毒酶基因表达量,来预测种群抗药性状况,并与各种群报道的实际抗药性状况进行比较,对FastD程序的实用性进行应用验证。结果发现,在白纹伊蚊2个种群中均未检测到靶标抗性突变,但在白纹伊蚊的Tem-GR抗性种群中检测到了较Par-GR敏感种群表达量高7.2倍的CCEae3a基因,该基因被报道与白纹伊蚊对有机磷类农药的抗性有关,表明FastD程序检测到了 Tem-GR种群对有机磷类杀虫剂产生了代谢抗性。在小菜蛾敏感种群中没检测到RyR的抗性突变,但在CHR和ZZ种群中均发现了 RyR上的G4946E突变,突变频率分别为0.66和0.95,并检测到ZZ种群相对于敏感种群CHS表达量高3.3倍的CYP6BG1基因,RyR突变G4946E和CYP6BG1基因均被报道与小菜蛾对氯虫苯甲酰胺的抗性有关,表明CHR和ZZ种群均对氯虫苯甲酰胺发展出了抗性,且ZZ种群抗性谱相对较广,抗性水平要高于CHR种群;在棉蚜（Aphis gossypii）敏感种群NS中没检测到nAChR抗性突变,在KR抗性种群中检测到nAChR的beta1亚基上的R81T突变,突变频率为0.50,检测到KR种群较敏感种群NS表达量高39.6倍的CYP6CY22基因和高22.0倍的CYP6CY13基因,nAChR突变R81T和上述两个基因均被报道与棉蚜对新烟碱类农药的抗性有关,表明FastD程序检测到了 KR种群已产生对新烟碱类杀虫剂的靶标抗性和代谢抗性。将这些种群预测的抗药性状况与其实际抗性状况进行比较,结果均相符,由此表明,害虫抗药性综合检测程序FastD对害虫种群抗药性状况的预测较为可靠,且能反映害虫种群对不同类型杀虫剂的多重抗性,具有广泛的应用价值。
荣爱红,赵蓬波,侯晓杰[8]（2012）在《基因芯片技术及其在结核分枝杆菌检测中的应用》文中进行了进一步梳理结核病是由结核分枝杆菌引起的一种慢性传染病,主要侵犯肺脏。在某些经济欠发达地区,许多结核病患者因为得不到全程,合理的救治而产生结核耐药,这使得控制结核病的发生发展成为世界性问题。
唐晨,田晓玲,贾睿,徐韧,王金辉,项有堂,何培民[9]（2010）在《基因芯片在海洋微藻研究中的应用前景》文中提出基因芯片通常指DNA芯片,其基本原理是将大量的寡核苷酸分子固定于支持物上,然后与标记的样品进行杂交,通过检测杂交信号从而获取结果。多年来,我国在医药疾病研究、微生物检测等领域已成功研制出多种基因芯片,取得了骄人的成绩,但在对海洋微藻研究的应用上成果较少。现着力从实际应用的角度阐述基因芯片及其在海洋微藻研究中的应用。
常俊丽[10]（2007）在《生物信息技术的知识产权保护研究》文中进行了进一步梳理生物信息技术作为当今生命科学的重大前沿领域之一,为人类在新药发现与开发、疾病治疗、农业、生物进化、基因组学、蛋白质组学等生物学理论和应用领域带来了不可估量的作用,世界各国对生物信息技术的研究均投入了大量的人力、物力和财力。然而,生物信息技术研究成果的知识产权保护存在着保护模式不明确以及产权不清等诸多问题,使得国家和企业的资金投入较难获得应有的回报,成为制约生物信息技术进一步快速发展的瓶颈。本文通过对生物信息技术自身特点的分析,结合知识产权理论及国内外生物信息技术知识产权研究现状,对生物信息技术知识产权保护做了全面分析和研究。通过理论研究和实证分析,得出以下结论:首先,通过对作为生物信息技术领域中重要组成部分的生物信息数据库自身特点和现有数据库保护模式的分析,提出了对生物信息一级数据库和二级数据库采取不同的保护策略的观点。即主要对二级生物信息数据库采取知识产权保护,而对一级生物信息数据库则采取以数据共享方式投放到公共领域的策略。并利用冲突分析方法讨论了一级数据库管理者、二级数据库管理者、最终用户、政府在这一利益冲突中可能采取的各种策略。研究结果表明,针对价格敏感用户,主要是科研用户时,在政府财力有限的条件下,仍然需要给予生物信息数据库开发者尤其是一级数据库开发者以一定的补贴。而在针对价格不敏感用户时,政府不给予任何财政补贴,也能使生物信息数据库系统运行良好。本论文通过传染模型分析了生物信息数据扩散的过程,并提出了政府应当针对生物信息数据扩散的不同阶段,采取不同的财政补贴政策的建议。其次,探讨了适合生物芯片的知识产权保护模式。通过研究发现,目前生物芯片专利纠纷较多的根本原因在于生物芯片专利技术中涉及的基础性专利较多,其较为可行的知识产权保护模式是构建各种不同的行业事实标准生物芯片专利池。为生物芯片构建行业事实标准专利池,不仅可以解决生物芯片领域目前出现的频繁的专利纠纷,而且可以促进生物芯片产业的发展。再次,本论文探讨了蛋白质组学相关保护客体的知识产权保护模式,对蛋白质三维结构的知识产权保护问题进行了重点研究,并设计了蛋白质三维结构数据的知识产权保护模式。通过研究发现,蛋白质三维结构中重要的蛋白质三维结构数据较难采用专利和版权等知识产权保护模式,笔者根据蛋白质三维结构数据自身的特点并结合数据库特殊权利的保护内容,设计了蛋白质三维结构数据的特殊权利保护机制,在保护内容和权利上给出了相关建议。最后,本论文还探讨了我国生物信息技术知识产权保护内容。通过对我国目前生物信息技术知识产权保护现状分析,并结合我国生物信息技术发展特点,探讨了适合我国国情的生物信息技术知识产权保护策略。
二、基因芯片及其应用（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、基因芯片及其应用（论文提纲范文）
（1）基因芯片技术在中药现代化研究中的应用进展（论文提纲范文）
| 0 引言 |
| 1 中医传统思维 |
| 2 中药作用机制研究 |
| 3 中药新药研发及有效成分的筛选 |
| 4 中药复方研究 |
| 5 中药质量控制与安全性研究 |
| 6 中药基因组学的研究 |
| 7 基因芯片技术在中药现代化研究中的不足 |
| 8 展望 |
（2）可视化猪瘟、非洲猪瘟及猪非典型瘟基因芯片鉴别诊断方法的建立（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Summary |
| 缩略语表 |
| 第一章 基因芯片技术及猪重大传染病检测技术研究进展 |
| 1 基因芯片技术及其应用 |
| 1.1 基因芯片的原理 |
| 1.2 基因芯片的分类 |
| 1.3 基因芯片的技术流程 |
| 1.4 基因芯片的应用 |
| 1.4.1 基因芯片在医学领域的应用 |
| 1.4.2 基因芯片在遗传性疾病诊断方面的应用 |
| 1.4.3 基因芯片在致病菌研究中的应用 |
| 1.4.4 基因芯片在传染病诊断中的应用 |
| 2 猪重大疫病检测技术研究进展 |
| 2.1 猪瘟及猪瘟病毒 |
| 2.2 猪瘟病毒的鉴别检测技术 |
| 2.2.1 病毒分离培养 |
| 2.2.2 血清学检测方法 |
| 2.2.3 分子生物学检测方法 |
| 2.3 非洲猪瘟及非洲猪瘟病毒 |
| 2.4 非洲猪瘟的诊断技术 |
| 2.4.1 PCR检测方法 |
| 2.4.2 荧光定量PCR |
| 2.4.3 ELISA检测方法 |
| 2.4.4 胶体金免疫层析试纸条 |
| 2.4.5 红细胞吸附试验 |
| 2.4.6 快速诊断和早期诊断方法 |
| 2.5 猪非典型瘟病毒 |
| 2.6 猪非典型性瘟病毒的诊断技术 |
| 3 研究展望 |
| 第二章 可视化猪瘟基因芯片鉴别检测方法的建立 |
| 1 材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 试剂 |
| 1.1.2 仪器 |
| 1.1.3 毒株 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 引物与探针设计 |
| 1.2.2 重组阳性质粒的构建 |
| 1.2.3 基因芯片的制备 |
| 1.2.4 基因芯片的杂交反应 |
| 1.2.5 结果的判定 |
| 1.2.6 二重PCR扩增反应的建立及优化 |
| 1.2.7 基因芯片杂交反应条件的优化 |
| 1.2.8 芯片的特异性试验 |
| 1.2.9 芯片的敏感性试验 |
| 1.2.10 芯片的可重复性 |
| 1.2.11 与标准检测方法符合率的比较 |
| 2 结果 |
| 2.1 重组阳性质粒构建 |
| 2.2 PCR反应条件优化 |
| 2.2.1 退火温度优化 |
| 2.2.2 延伸时间优化 |
| 2.2.3 引物浓度优化 |
| 2.3 基因芯片杂交反应条件的优化 |
| 2.3.1 SA-HRP最佳稀释度优化 |
| 2.3.2 杂交时间优化 |
| 2.4 基因芯片的特异性 |
| 2.5 芯片的敏感性 |
| 2.6 芯片的可重复性 |
| 2.7 与标准检测方法结果符合率的比较 |
| 3 讨论 |
| 本章小结 |
| 第三章 可视化猪瘟、非洲猪瘟及猪非典型瘟基因芯片鉴别诊断方法的建立及初步应用 |
| 1.材料与方法 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 试剂 |
| 1.1.2 仪器 |
| 1.1.3 毒株 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 引物与探针设计 |
| 1.2.2 重组阳性质粒的构建 |
| 1.2.3 基因芯片的制备 |
| 1.2.4 探针的筛选 |
| 1.2.5 PCR扩增反应的建立及优化 |
| 1.2.6 芯片的特异性试验 |
| 1.2.7 芯片的敏感性试验 |
| 1.2.8 芯片的可重复性 |
| 1.2.9 芯片的保存期 |
| 1.2.10 与标准检测方法符合率的比较 |
| 2 结果 |
| 2.1 探针的筛选 |
| 2.2 重组阳性质粒构建 |
| 2.3 PCR反应条件优化 |
| 2.3.1 PCR反应退火温度的优化 |
| 2.3.2 PCR反应延伸时间的优化 |
| 2.3.3 PCR反应引物浓度的优化 |
| 2.4 基因芯片的特异性 |
| 2.5 芯片的敏感性 |
| 2.6 芯片的可重复性 |
| 2.7 芯片的保存期 |
| 2.8 与标准检测方法结果符合率的比较 |
| 3 讨论 |
| 本章小结 |
| 第四章 全文总结 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简介 |
| 在读期间发表论文和成果 |
| 导师简介 |
（3）基于GEO公共数据挖掘影响猪脂肪沉积的基因表达模式与鉴定（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| abstract |
| 英文缩略词表 |
| 前言 |
| 第一篇 文献综述 |
| 第1章 猪的脂肪沉积研究进展 |
| 1.1 猪肉肉质含义 |
| 1.2 肌肉组成及其与肉质关系 |
| 1.3 IMF含量的影响因素 |
| 1.3.1 遗传因素对IMF含量的影响 |
| 1.3.2 性别和年龄对IMF含量的影响 |
| 1.3.3 不同组织部位对IMF含量的影响 |
| 1.3.4 营养水平和饲养环境对IMF含量的影响 |
| 1.3.5 饲养环境对IMF含量的影响 |
| 1.3.6 小结 |
| 1.4 皮下脂肪与猪胴体性状的关系 |
| 1.5 猪的脂肪沉积相关基因与基因组学研究进展 |
| 1.5.1 脂肪沉积相关基因 |
| 1.5.2 脂肪沉积相关长链非编码RNA |
| 1.5.3 脂肪沉积相关信号通路 |
| 1.6 我国地方猪种与外来引进猪种概况 |
| 1.6.1 我国地方猪种概况 |
| 1.6.2 我国外来引进猪种概况 |
| 1.6.2 小结 |
| 第2章 GEO公共数据库及其应用 |
| 2.1 GEO公共数据库 |
| 2.2 基因芯片技术的应用 |
| 2.3 RNA-seq技术的应用 |
| 2.4 qRT-PCR array技术及应用 |
| 第二篇 研究内容 |
| 第1章 猪肌内脂肪GEO数据挖掘和基因表达模式鉴定 |
| 1.1 材料 |
| 1.1.1 GEO数据收集 |
| 1.1.2 生物信息学和统计分析方法 |
| 1.1.3 动物样本采集 |
| 1.1.4 主要仪器 |
| 1.1.5 主要试剂 |
| 1.1.6 引物的设计 |
| 1.2 方法 |
| 1.2.1 DEGs的获得 |
| 1.2.2 差异基因信号通路和GO富集 |
| 1.2.3 IMF含量测定 |
| 1.2.4 RNA提取和q RT-PCR芯片验证 |
| 1.2.5 Western blot分析 |
| 1.3 结果 |
| 1.3.1 GEO数据集中差异表达分析结果 |
| 1.3.2 GEO数据中DEGs的通路富集 |
| 1.3.3 不同品种猪LD中IMF含量测定 |
| 1.3.4 不同品种猪LD中 AMPK信号通路的验证 |
| 1.3.5 AMPK信号通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析 |
| 1.3.6 不同品种猪LD中 PPAR信号通路的验证 |
| 1.3.7 PPAR信号通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析 |
| 1.3.8 不同品种猪LD中脂肪酸代谢信号通路的验证 |
| 1.3.9 脂肪酸代谢信号通路q RT-PCR芯片DEGs的 GO分析 |
| 1.3.10 三个信号通路共享基因情况分析 |
| 1.3.11 两个猪种中几个关键蛋白的western blot分析 |
| 1.4 讨论 |
| 1.4.1 AMPK信号通路 |
| 1.4.2 PPAR信号通路 |
| 1.4.3 脂肪酸代谢信号通路 |
| 1.4.4 不足与展望 |
| 1.5 小结 |
| 第2章 猪皮下脂肪GEO数据挖掘和基因表达模式鉴定 |
| 2.1 材料 |
| 2.1.1 GEO数据收集 |
| 2.1.2 生物信息学和统计分析方法 |
| 2.1.3 动物样本采集 |
| 2.1.4 主要仪器 |
| 2.1.5 主要试剂 |
| 2.1.6 引物的设计 |
| 2.2 方法 |
| 2.2.1 DEGs的获得 |
| 2.2.2 DEGs信号通路富集和PPI网络构建 |
| 2.2.3 RNA提取和q RT-PCR芯片验证 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 GEO数据中差异表达分析结果 |
| 2.3.2 GEO数据中DEGs的信号通路富集 |
| 2.3.3 GEO数据中DEGs的 PPI网络 |
| 2.3.4 GEO数据中DEGs的共表达分析 |
| 2.3.4 不同品种猪皮下脂肪组织中q RT-PCR芯片结果 |
| 2.4 讨论 |
| 2.5 小结 |
| 第3章 猪脂肪沉积相关Lnc RNAs数据挖掘 |
| 3.1 材料 |
| 3.1.1 GEO数据收集 |
| 3.1.2 生物信息学分析 |
| 3.1.3 动物样本采集 |
| 3.1.4 主要仪器 |
| 3.1.5 主要试剂 |
| 3.1.6 引物的设计 |
| 3.2 方法 |
| 3.2.1 DEGs和差异表达Lnc RNAs分析 |
| 3.2.2 Lnc RNA-m RNA共表达分析 |
| 3.2.3 RNA提取和q RT-PCR芯片验证 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 IMF数据差异表达m RNAs结果 |
| 3.3.2 IMF数据差异表达Lnc RNAs结果 |
| 3.3.3 IMF数据Lnc RNA-m RNA共表达分析结果 |
| 3.3.4 皮下脂肪数据差异表达mRNAs结果 |
| 3.3.5 皮下脂肪数据差异表达Lnc RNAs结果 |
| 3.3.6 皮下脂肪数据Lnc RNA-m RNA共表达分析结果 |
| 3.3.7 脂肪沉积相关的几个Lnc RNAs的 q RT-PCR检测结果 |
| 3.3.8 脂肪沉积相关Lnc RNAs与人、小鼠的同源比对分析 |
| 3.4 讨论 |
| 3.5 小结 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 导师简介 |
| 作者简介 |
| 致谢 |
（4）湖羊养殖技术优化与应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| abstract |
| 主要符号对照表 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 湖羊生产及育种现状 |
| 1.2 肉羊育种主要技术介绍 |
| 1.2.1 最佳线性无偏估计 |
| 1.2.2 标记辅助选择 |
| 1.2.3 基因组选择 |
| 1.3 肉羊基因组选择育种进展 |
| 1.3.1 GS在羊育种中的应用 |
| 1.3.2 GS育种的优势与缺陷 |
| 1.3.3 GS在我国肉羊育种中的展望 |
| 1.4 协同育种技术 |
| 1.5 本研究的目的与意义 |
| 第二章 湖羊基因组选择育种设计 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 材料与方法 |
| 2.2.1 试验场育种现状 |
| 2.2.2 育种目标 |
| 2.2.3 GS常见算法 |
| 2.2.4 GEBV准确性 |
| 2.2.5 表型测定 |
| 2.2.6 血样样品采集 |
| 2.3 结果 |
| 2.3.1 参考群的构建与更新方案 |
| 2.3.2 候选群的测定与选留方案 |
| 2.3.3 样品采集与基因分型方案 |
| 2.3.4 GEBV的计算与验证方案 |
| 2.4 讨论 |
| 2.4.1 试验场湖羊GS策略探讨 |
| 2.4.2 低成本基因组选择策略探讨 |
| 第三章 微卫星鉴定湖羊家系 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 材料与方法 |
| 3.2.1 试验材料 |
| 3.2.2 试验方法 |
| 3.3 结果 |
| 3.3.1 DNA质检结果 |
| 3.3.2 荧光PCR结果 |
| 3.3.3 微卫星等位基因统计分析及排除概率 |
| 3.3.4 家系划分鉴定结果 |
| 3.4 讨论 |
| 3.4.1 微卫星在亲缘关系鉴定中的应用 |
| 3.4.2 基于微卫星鉴定湖羊家系 |
| 第四章 寒旱地区湖羊35日龄早期断奶研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 材料与方法 |
| 4.2.1 试验动物与分组 |
| 4.2.2 统计分析 |
| 4.3 结果与分析 |
| 4.3.1 数据质控 |
| 4.3.2 各阶段羔羊体重对比 |
| 4.3.3 各阶段羔羊增重对比 |
| 4.3.4 羔羊断奶时成活率对比 |
| 4.4 讨论 |
| 4.4.1 常见羔羊早期断奶方法 |
| 4.4.2 饲养密度对畜禽成长发育的影响 |
| 4.4.3 哺乳期羔羊行为学分析 |
| 第五章 反刍专用甜菜碱对湖羊生长性能的影响 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 材料与方法 |
| 5.2.1 试验时间与地点 |
| 5.2.2 试验材料 |
| 5.2.3 试验设计 |
| 5.2.4 统计分析 |
| 5.3 结果与分析 |
| 5.3.1 甜菜碱对育肥羊全群生长性能的影响 |
| 5.3.2 不同育肥阶段和体重等级下甜菜碱对湖羊生长性能的影响 |
| 5.4 讨论 |
| 第六章 结论 |
| 参考文献 |
| 致谢 |
| 作者简历 |
（5）绒山羊SNP芯片设计及重要经济性状全基因组关联分析研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 缩略语表 |
| 1 引言 |
| 1.1 绒山羊育种概述 |
| 1.1.1 绒山羊概况 |
| 1.1.2 绒山羊育种现状 |
| 1.1.3 绒山羊绒毛品质性状研究进展 |
| 1.2 基因芯片的研究进展 |
| 1.2.1 分子遗传标记的发展概况 |
| 1.2.2 基因芯片发展概况 |
| 1.3 全基因组关联分析研究进展 |
| 1.3.1 GWAS研究概述 |
| 1.3.2 GWAS的统计分析方法 |
| 1.3.3 GWAS在畜禽中的应用 |
| 1.3.4 GWAS存在的问题及展望 |
| 1.4 研究目的及意义 |
| 1.5 技术路线图 |
| 2 研究一 山羊全基因组重测序 |
| 2.1 前言 |
| 2.2 材料 |
| 2.2.1 试验材料 |
| 2.2.2 主要仪器 |
| 2.2.3 主要试剂 |
| 2.3 方法 |
| 2.3.1 血液DNA提取 |
| 2.3.2 文库的构建 |
| 2.3.3 基因组测序 |
| 2.3.4 测序数据过滤与质控 |
| 2.3.5 基因组遗传变异检测 |
| 2.3.6 遗传多样性分析 |
| 2.4 结果 |
| 2.4.1 DNA文库及质检 |
| 2.4.2 测序结果 |
| 2.4.3 遗传变异数据集 |
| 2.4.4 群体杂合度分析 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 小结 |
| 3 研究二 山羊66K SNP捕获芯片的开发与测试 |
| 3.1 前言 |
| 3.2 材料 |
| 3.3 方法 |
| 3.3.1 原始SNP数据集的获取 |
| 3.3.2 原始数据初步分析 |
| 3.3.3 CG测序方法 |
| 3.3.4 统计与分析 |
| 3.3.5 SNP检测提取 |
| 3.3.6 样品测序报告的生成 |
| 3.4 结果 |
| 3.4.1 SNP筛选 |
| 3.4.2 叠瓦式探针设计 |
| 3.4.3 探针测试结果分析 |
| 3.5 讨论 |
| 3.5.1 叠瓦式探针设计的选择 |
| 3.5.2 捕获效果的检测 |
| 3.5.3 SNP数据集的优势 |
| 3.6 小结 |
| 4 研究三 基于绒山羊66K SNP芯片的捕获测序 |
| 4.1 前言 |
| 4.2 材料 |
| 4.2.1 试验材料 |
| 4.2.2 主要仪器 |
| 4.2.3 主要试剂 |
| 4.3 方法 |
| 4.3.1 血液基因组DNA的提取 |
| 4.3.2 CG平台建库方法 |
| 4.3.3 测序质量评估 |
| 4.3.4 测序FASTQ文件初步过滤 |
| 4.3.5 序列比对与去重复 |
| 4.3.6 遗传变异检测 |
| 4.4 结果 |
| 4.4.1 测序平台比较与流程优化 |
| 4.4.2 测序平台对比 |
| 4.4.3 分析流程优化探索 |
| 4.4.4 目标捕获与测序结果 |
| 4.4.5 SNPs |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 小结 |
| 5 研究四 绒山羊重要经济性状的全基因组关联分析研究 |
| 5.1 前言 |
| 5.2 材料 |
| 5.3 方法 |
| 5.3.1 羊绒纤维细度测量分析 |
| 5.3.2 群体结构分析 |
| 5.3.3 全基因组关联分析 |
| 5.3.4 候选基因定位 |
| 5.3.5 候选SNP位点的飞行质谱基因分型 |
| 5.4 结果 |
| 5.4.1 表型数据的校正与统计 |
| 5.4.2 群体结构分析 |
| 5.4.3 全基因组关联分析 |
| 5.4.4 DNA质检结果 |
| 5.4.5 Sequenom SNP分型结果 |
| 5.4.6 统计分析结果 |
| 5.5 讨论 |
| 5.5.1 绒山羊66KSNP芯片与山羊52K SNP芯片的应用范围比较 |
| 5.5.2 羊绒细度相关的Top 26SNP位点 |
| 5.5.3 候选SNP位点的飞行质谱基因分型 |
| 5.6 小结 |
| 6 结论 |
| 7 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 作者简介 |
（6）新型细菌电化学传感器的构建及其应用研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 第一章 绪论 |
| 1.1 研究背景和意义 |
| 1.2 细菌概况 |
| 1.3 细菌检测方法 |
| 1.3.1 常规生化检测方法 |
| 1.3.2 免疫学法 |
| 1.3.3 分子生物学方法 |
| 1.4 细菌16SrDNA的研究 |
| 1.4.1 细菌16SrDNA简介 |
| 1.4.2 基于细菌16SrDNA的应用 |
| 1.5 生物传感器的研究 |
| 1.5.1 生物传感器简介 |
| 1.5.2 生物传感器分类 |
| 1.5.3 压电传感技术 |
| 1.5.4 纳米材料在传感器领域中的研究现状 |
| 1.6 本文构思 |
| 第二章 基于纳米间隙网络电极的生物传感平台的构建 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 实验部分 |
| 2.2.1 试剂和材料 |
| 2.2.2 金纳米粒子的制备 |
| 2.2.3 Au NPs-PNA纳米间隙网络电极的制备 |
| 2.2.4 DNA杂交测试 |
| 2.3 结果与讨论 |
| 2.3.1 基于纳米间隙网络电极的传感平台的设计策略 |
| 2.3.2 表征 |
| 2.3.3 传感平台的特异性研究 |
| 2.4 小结 |
| 第三章 基于酶靶向引导聚苯胺沉积的16S rDNA纳米间隙网络电化学传感器用于大肠杆菌的快速检测 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 实验部分 |
| 3.2.1 试剂和材料 |
| 3.2.2 HRP酶修饰的检测探针的制备 |
| 3.2.3 大肠杆菌的检测 |
| 3.2.4 模拟水样本的检测 |
| 3.3 结果与讨论 |
| 3.3.1 构建传感器的设计策略 |
| 3.3.2 生物标志物的筛选 |
| 3.3.3 表征 |
| 3.3.4 构建传感器对16S rDNA片段的响应 |
| 3.3.5 聚苯胺沉积时间对检测的影响 |
| 3.3.6 特异性研究 |
| 3.3.7 传感器对不同浓度的大肠杆菌的响应特性 |
| 3.3.8 模拟水样本的检测 |
| 3.4 小结 |
| 第四章 基于Exo Ⅲ辅助循环信号放大的结核分枝杆菌16S rDNA MSPQC传感器的构建 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 实验部分 |
| 4.2.1 试剂和材料 |
| 4.2.2 AuNPs-DNA网络电极的制备 |
| 4.2.3 结核分枝杆菌的检测 |
| 4.3 结果与讨论 |
| 4.3.1 MSPQC传感器的响应机理 |
| 4.3.2 MSPQC传感器的设计策略 |
| 4.3.3 16SrDNA靶片段的筛选与捕获探针的设计 |
| 4.3.4 MSPQC传感器传感过程中的关键步骤及验证 |
| 4.3.5 结核分枝杆菌16SrDNA片段的频移响应特性 |
| 4.3.6 Exo Ⅲ浓度对检测信号的影响 |
| 4.3.7 MSPQC传感器对16S rDNA片段的碱基错配研究 |
| 4.3.8 结核分枝杆菌的检测 |
| 4.3.9 模拟痰样本的检测 |
| 4.3.10 构建MSPQC传感器与其他结核分枝杆菌检测方法的比较 |
| 4.4 小结 |
| 第五章 基于导电二维Ti_3C_2 MXenes的结核分枝杆菌电化学传感器的构建 |
| 5.1 引言 |
| 5.2 实验部分 |
| 5.2.1 试剂和材料 |
| 5.2.2 Ti_3C_2 MXenes纳米片的制备 |
| 5.2.3 ZrOCl_2预处理Ti_3C_2 MXenes纳米片 |
| 5.2.4 结核分枝杆菌检测 |
| 5.2.5 模拟痰样本中的结核分枝杆菌检测 |
| 5.3 结果与讨论 |
| 5.3.1 构建传感器的设计策略 |
| 5.3.2 靶标的筛选 |
| 5.3.3 表征 |
| 5.3.4 结核分枝杆菌16S rDNA片段的电导响应特性 |
| 5.3.5 Ti_3C_2 M Xenes交联时间对检测响应的影响 |
| 5.3.6 结核分枝杆菌的检测 |
| 5.3.7 模拟痰样本检测 |
| 5.3.8 构建的生物传感器和其他报道的检测结核分枝杆菌方法的对比 |
| 5.4 小结 |
| 第六章 AuNPs介导酶辅助靶循环的MSPQC传感器用于结核分枝杆菌的检测 |
| 6.1 引言 |
| 6.2 实验部分 |
| 6.2.1 试剂和材料 |
| 6.2.2 传感电极的修饰 |
| 6.2.3 AuNPs标记的检测探针的制备 |
| 6.2.4 结核分枝杆菌的检测 |
| 6.3 结果与讨论 |
| 6.3.1 MSPQC传感器的构建策略 |
| 6.3.2 电极表面的电化学阻抗表征 |
| 6.3.3 MSPQC传感器对16S rDNA片段的频移响应特性 |
| 6.3.4 Exo Ⅲ浓度和杂交/Exo Ⅲ孵育时间对频移响应的影响 |
| 6.3.5 构建的MSPQC传感器的选择性和重复性研究 |
| 6.3.6 构建的结核分枝杆菌MSPQC传感器的检测限研究 |
| 6.3.7 模拟样本的检测 |
| 6.4 小结 |
| 结论与展望 |
| 参考文献 |
| 附录 攻读博士学位期间所发表的学术论文 |
| 致谢 |
（7）基于RNA-Seq数据的害虫抗药性检测平台FastD的研发及其应用（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 第一章 文献综述 |
| 1 害虫抗药性 |
| 1.1 害虫与杀虫剂 |
| 1.2 害虫抗药性及其形成 |
| 1.3 害虫抗药性的研究历史与现状 |
| 1.4 害虫抗药性的危害 |
| 2 害虫抗药性的发生机制 |
| 2.1 行为抗性 |
| 2.2 穿透抗性 |
| 2.3 代谢抗性 |
| 2.4 靶标抗性 |
| 2.5 害虫抗药性机制研究展望 |
| 3 害虫抗药性检测技术 |
| 3.1 抗药性生物测定 |
| 3.2 抗药性生理生化检测 |
| 3.3 抗药性分子生物学检测 |
| 3.4 害虫抗药性检测技术展望 |
| 4 RNA-Seq技术及其在害虫抗药性检测上的应用 |
| 4.1 转录组研究进展 |
| 4.2 RNA-Seq技术原理 |
| 4.3 RNA-Seq的混样测序策略 |
| 4.4 RNA-Seq技术优势 |
| 4.5 RNA-Seq技术在害虫抗药性检测上的应用 |
| 5 本研究的目的和意义 |
| 第二章 ACE程序检测抗药性突变的应用验证 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 转录组数据 |
| 2.2 供试小菜蛾 |
| 2.3 乙酰胆碱酯酶突变检测程序ACE |
| 2.4 乙酰胆碱酯酶突变检测 |
| 2.5 小菜蛾乙酰胆碱酯酶基因ace1的克隆 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 害虫种群的抗药性情况 |
| 3.2 家蝇3个种群ace2的突变检测 |
| 3.3 白纹伊蚊2个种群的ace1突变检测 |
| 3.4 小菜蛾3个种群的ace1突变检测 |
| 3.5 小菜蛾CHR种群ace1突变的验证 |
| 4 讨论 |
| 第三章 害虫抗药性综合检测程序FastD的研发 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 文献挖掘 |
| 2.2 基因收集 |
| 2.3 程序编写 |
| 2.4 在线分析平台构建 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 靶标突变图谱 |
| 3.2 害虫抗药性相关基因 |
| 3.3 害虫抗药性综合检测程序FastD |
| 3.4 FastD在线分析平台 |
| 4 讨论 |
| 第四章 害虫抗药性检测程序FastD的应用验证 |
| 1 引言 |
| 2 材料与方法 |
| 2.1 转录组数据 |
| 2.2 害虫靶标突变检测 |
| 2.3 害虫解毒代谢酶表达量检测 |
| 3 结果与分析 |
| 3.1 害虫种群的抗药性情况 |
| 3.2 白纹伊蚊2个种群靶标突变和解毒代谢酶表达量的检测 |
| 3.3 小菜蛾3个种群靶标突变和解毒代谢酶表达量的检测 |
| 3.4 棉蚜2个种群靶标突变和解毒代谢酶表达量的检测 |
| 4 讨论 |
| 全文总结 |
| 参考文献 |
| 附录 |
| 致谢 |
| 攻读硕士学位期间学术论文发表情况 |
（8）基因芯片技术及其在结核分枝杆菌检测中的应用（论文提纲范文）
| 1 基因芯片 |
| 1.1 基因芯片的概念 |
| 1.2 基因芯片的优点 |
| 1.3 基因芯片的分类[4] |
| 1.3.1 按基因芯片所用载体材料分: |
| 1.3.2 按芯片点样方式的不同分: |
| 1.3.3 按基因芯片用途分为: |
| 1.4 基因芯片的用途 |
| 1.4.1 疾病检测诊断方面, |
| 1.4.2 法医学方面, |
| 1.4.3 药物筛选方面[6], |
| 1.4.4 环境科学方面, |
| 1.5 基因芯片的原理 |
| 1.6 基因芯片技术的主要技术环节 |
| 1.6.1 芯片制备 |
| 1.6.2 样品制备 |
| 1.6.3 分子之间相互反应 |
| 1.6.4 反应结果的检测及分析 |
| 1.7 基因芯片的国内外研究现状[11] |
| 2 基因芯片在结核分枝杆菌中的应用 |
| 2.1 基因芯片对结核分枝杆菌耐药性的研究 |
| 2.2 基因芯片技术应用于耐多药结核病 (MDR-TB) 检测的现状 |
| 3 展望 |
（9）基因芯片在海洋微藻研究中的应用前景（论文提纲范文）
| 1 基因芯片 |
| 1.1 概念和原理 |
| 1.2 基因芯片的特性 |
| 1.3 芯片的分类 |
| 1.3.1 固相微阵列芯片 |
| 1.3.2 液相微阵列芯片 |
| 2 基因芯片在海洋微藻研究中的应用前景 |
| 2.1 在海洋微藻分类与鉴定研究方面的应用 |
| 2.2 在遗传多样性分析与基因突变方面的应用 |
| 2.3 在海藻基因差异性表达上的应用前景 |
| 2.4 在海藻活性物质筛选方面的应用 |
| 3 基因芯片在海藻研究中存在的问题及展望 |
（10）生物信息技术的知识产权保护研究（论文提纲范文）
| 摘要 |
| ABSTRACT |
| 1 绪论 |
| 1.1 研究背景及意义 |
| 1.2 研究方法 |
| 1.3 文献综述 |
| 1.4 本文的研究思路及拟解决的问题 |
| 1.5 论文创新点 |
| 1.6 基本框架 |
| 2 生物信息技术知识产权保护的对象及术语 |
| 2.1 生物信息技术的概念及研究内容 |
| 2.2 基因和蛋白质序列和结构 |
| 2.3 生物信息数据库 |
| 2.4 生物信息技术软件和硬件 |
| 2.5 蛋白质组学 |
| 3 生物信息数据库知识产权保护 |
| 3.1 生物信息数据库知识产权保护的必要性及存在的问题 |
| 3.2 生物信息数据库保护模式探讨 |
| 3.3 二级生物信息数据库知识产权保护模式 |
| 3.4 本章小结 |
| 4 生物信息数据库知识产权保护的理论分析 |
| 4.1 冲突分析方法简介 |
| 4.2 生物信息数据库运行模式分析 |
| 4.3 政府参与后的冲突分析 |
| 4.4 提高政府补贴的有效性 |
| 4.5 实证分析 |
| 4.6 本章小节 |
| 5 生物芯片的知识产权保护 |
| 5.1 生物芯片知识产权保护目的及意义 |
| 5.2 生物芯片研究和应用中所涉及到的生物信息学问题 |
| 5.3 生物芯片的专利保护现状及出现的问题 |
| 5.4 生物芯片专利池的构建研究 |
| 5.5 本章小结 |
| 6 蛋白质组学的知识产权保护研究 |
| 6.1 蛋白质组学知识产权保护意义 |
| 6.2 蛋白质组学中涉及的知识产权保护客体及其保护策略 |
| 6.3 本章小结 |
| 7 蛋白质三维结构的知识产权保护模式研究 |
| 7.1 蛋白质三维结构测定的应用 |
| 7.2 蛋白质三维结构相关的专利保护客体 |
| 7.3 蛋白质三维结构数据保护模式研究 |
| 7.4 本章小结 |
| 8 我国对生物信息技术的知识产权保护 |
| 8.1 我国生物信息数据库的知识产权保护现状及改进措施 |
| 8.2 我国生物芯片的知识产权保护 |
| 8.3 我国蛋白质组学知识产权保护 |
| 8.4 本章小结 |
| 9 结论与展望 |
| 9.1 结论 |
| 9.2 展望 |
| 致谢 |
| 参考文献 |
| 附录1 我国生物芯片专利授权情况表 |
| 附录2 攻读博士学位期间发表的学术论文目录 |
| 附录3 攻读博士学位期间参与的科研项目 |
四、基因芯片及其应用（论文参考文献）
- [1]基因芯片技术在中药现代化研究中的应用进展[J]. 刘玉峰,许肈初,马海燕. 辽宁大学学报(自然科学版), 2021(03)
- [2]可视化猪瘟、非洲猪瘟及猪非典型瘟基因芯片鉴别诊断方法的建立[D]. 李元曦. 甘肃农业大学, 2020(09)
- [3]基于GEO公共数据挖掘影响猪脂肪沉积的基因表达模式与鉴定[D]. 姚潮刚. 吉林大学, 2020(01)
- [4]湖羊养殖技术优化与应用[D]. 赵志达. 中国农业科学院, 2020(01)
- [5]绒山羊SNP芯片设计及重要经济性状全基因组关联分析研究[D]. 乔贤. 内蒙古农业大学, 2020
- [6]新型细菌电化学传感器的构建及其应用研究[D]. 张家林. 湖南大学, 2020(01)
- [7]基于RNA-Seq数据的害虫抗药性检测平台FastD的研发及其应用[D]. 陈龙飞. 南京农业大学, 2019(08)
- [8]基因芯片技术及其在结核分枝杆菌检测中的应用[J]. 荣爱红,赵蓬波,侯晓杰. 中国实验诊断学, 2012(12)
- [9]基因芯片在海洋微藻研究中的应用前景[J]. 唐晨,田晓玲,贾睿,徐韧,王金辉,项有堂,何培民. 生物技术通报, 2010(11)
- [10]生物信息技术的知识产权保护研究[D]. 常俊丽. 华中科技大学, 2007(05)