一、改良的一步热酚法及Trizol试剂盒提取组织中RNA的比较(论文文献综述)
郑纪伟[1](2013)在《柳树转录组高通量测序及SSR标记开发研究》文中指出本研究以垂柳和簸箕柳为研究材料,利用新一代454高通量测序技术进行转录组测序,并进行生物信息学分析,比较乔木柳与灌木柳转录本之间的差异;同时利用测序产生的大量EST序列开发了一组SSR标记,并检验了SSR标记在柳树不同种及杂交种间的通用性。本研究的主要结论如下:1.本研究应用Roche454GS FLX平台对垂柳和簸箕柳进行转录组测序,分别获得原始读段(Reads)280074和267030个,平均长度为415bp。拼接后垂柳得到40271个Unigene(Contig4701个和Singlet35570个);簸箕柳得到55083个Unigene (Contig7793个和Singlet47290个)。对两个样本转录组测序数据进行了GO注释分类和KEGG代谢通路分析。在两个样本转录本之间筛选出550个差异表达基因,并对这些差异表达基因做GO注释分类。2.利用不同软件对两个样本的Unigene进行SSR位点查找,经比较发现MISA软件最为快捷、有效。在垂柳和簸箕柳中分别检索到1572和2949个SSR候选位点。利用Primer5软件进行引物设计,在垂柳和簸箕柳中分别成功设计459和729对引物。经PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测,最终有424对垂柳引物、658对簸箕柳引物共1082对引物成功扩增。3.为研究基因区微卫星在不同树种中的变化情况,本研究利用从NCBI中下载的杨树和桉树的EST序列与转录组测序产生的柳树EST序列为材料,各自拼接去冗后,随机选取5万条Unigene并利用MISA软件查找SSR位点。结果显示,杨树和桉树EST序列含有微卫星的比例比较接近,分别为19.3%和19.9%,而在柳树中分化较大,只有11.4%。研究还发现,三碱基重复单元是这3个树种编码序列中微卫星的主要重复类型;微卫星获得或丢失重复单元的速率都随着重复单元的增加而降低。4.从PCR成功扩增的引物中随机选取200对(垂柳100对和簸箕柳100对),在16个柳树种及杂交种间进行通用性检测。结果显示:利用垂柳和簸箕柳开发的引物在柳树种及杂交种间的通用性基本上都在70%-99%之间。其中,100对垂柳引物在旱柳和黑柳中通用性最好,高达93%,最低的簸箕柳为74%;簸箕柳引物在杂种簸箕柳×银芽柳中通用性最高,达到99%,在垂柳中通用性最低,仅为63%。对比分析发现,利用乔木柳开发的引物在乔木柳不同种及杂交种间的通用性要高于在灌木柳不同种及杂种间的通用性。同样,利用灌木柳开发的引物在灌木柳不同种及杂种间的通用性高于在乔木柳不同种及杂种间的通用性。
司爱君,阮孟斌,谢宗铭[2](2012)在《改良热酚法快速提取棉花不同组织RNA》文中研究指明[目的]以改良热酚法快速提取棉花不同组织的RNA。[方法]以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)新陆早26为材料,在冷酚法的基础上对RNA的提取方法进行改进。[结果]利用改良热酚法获得的RNA不仅完整性极好、浓度高且无多糖多酚污染,可用于cDNA末端快速扩增(RACE)、Northern Bloting、基因芯片分析及转录组分析等研究。[结论]该方法不但适用于提取棉花叶片总RNA,而且在根、花冠、花药、发育的纤维中均能获得高质量的RNA,同时节约成本,操作简便,对环境污染小。
王延书[3](2011)在《葡萄果实着色前后ABA代谢合成关键酶的基因表达分析》文中进行了进一步梳理本实验试材为玫瑰香葡萄(Vitis vinifera L.cv.Muscat Hamburg),由北京农学院葡萄种质资源圃提供。玫瑰香葡萄,又名麝香葡萄(Muscat),欧亚种,于1871年由美国传教士倪氏首先引入山东烟台,1892年又从西欧引入,是我国分布最广的品种之一,各主要葡萄产地均有栽培。此品种属中晚熟品种,植株树势生长中等,二次结果率高,丰产性较好,颗粒小,口感微甜,有玫瑰香味,肉质坚实,易运输,耐贮藏,是鲜食和酿酒兼用品种。实验于2008年到2010年进行,共分为两部分。第一部分,花后2周开始采集果实,每7天一次,直至果实完熟,研究了玫瑰香葡萄果实的生长变化动态、相关的果实品质指标及ABA含量变化;同时探讨了9-顺环氧类胡萝卜素双加氧酶(NCED)、细胞色素P450双加氧酶(CYP)、葡萄糖基转移酶(GT)及β-葡萄糖酯酶(BG)在花后7-11周葡萄果实中表达量的变化规律。第二部分,果实着色初期进行不同浓度脱落酸(ABA)涂抹处理,处理浓度为100 mg·kg-1和250 mg·kg-1;以喷水为对照,处理7天后采样,研究了不同浓度ABA处理对葡萄果实着色及品质的影响。结果如下:1、涂抹ABA有利于提高葡萄果实的着色指数,随着涂抹浓度的增加,着色指数增大;葡糖成熟时的测定结果表明,ABA提高了果粒的平均单粒重,增加了果实含糖量,以250 mg·kg-1ABA的处理效果最好,100 mg·kg-1ABA次之。2、玫瑰香葡萄果实纵横径变化趋势基本一致,分快-慢-快3个时期。液相色谱测定表明,果实内可溶性糖主要为葡萄糖、果糖和蔗糖,葡萄糖和果糖变化趋势基本一致,自着色期初期即开始快速上升,直至完熟期,其中果糖增幅大于葡萄糖;蔗糖含量较少,呈平缓上升趋势,但增幅较小;总酸含量和pH值呈相反变化趋势,总酸含量快速下降的同时pH值迅速升高;ABA含量伴随着色期的发生而迅速增加,着色期后期达到高峰值,之后下降。说明果糖对果实成熟时甜度的提高起着重要作用,ABA与果实着色期密切相关。3、提取葡萄果实的总RNA,反转录为cDNA后,分别设计NCED、CYP、GT、BG四个基因的兼并引物,然后以葡萄cDNA为模板分别扩增出所需基因片段,根据克隆到的基因片段设计荧光引物,测定上述四个基因在葡萄花后7-11周表达量的变化。VvNCED1基因表达量在花后7-8周较高,第9周迅速降至最低值,10-11周又略有升高,但其值远低于初始值;随着果实着色期的启动,VvBG1基因表达量有两次快速升高的过程:第一次升高发生在花后第7-8周,第二次升高发生在花后第9-10周,且第二次上升幅度大于第一次;VvGT1在第8周迅速升至峰值,而后大幅下降,之后变化较为平稳;VvCYP1基因表达量随果实成熟度的加深而逐渐升高,第9周达到最大值,然后迅速降至极低值。从以上结果可知,玫瑰香葡萄果实着色期前期ABA的积累主要归因于VvNCED1基因的高水平表达,而后期ABA的积累则主要归因于VvBG1基因;花后第8-9周,VvGT1和VvCYP1均处于较高的表达水平,与此时ABA含量较低相吻合。4、对VvBG 1基因进行生物信息学分析显示,此基因编码的蛋白质分子量约为57KD, PI值为6.24,其二级结构为“桶状”。
边万平[4](2008)在《除虫菊花均一化cDNA文库的构建及EST序列分析》文中认为除虫菊(Chrysanthemum Cinerariifolium)是菊科多年生草本植物,是目前世界上唯一集约化种植的杀虫植物。除虫菊的杀虫活性物除虫菊素(pyrethrins)具有高效、低毒、广谱、低残留等优良杀虫特性,对人、温血动物和环境没有危害,已成为当今无公害生物杀虫剂的重要研究热点之一。除虫菊素主要在除虫菊花中合成,其含量占整个植株的95%以上,而干花中除虫菊素含量在1.2-2.0%。目前,天然除虫菊素已广泛应用在农业、林业、生物农药和食品卫生安全等多个领域。但国内外对于天然除虫菊素合成相关基因的研究很少,从而制约了利用基因工程技术提高除虫菊花中除虫菊素的含量。构建除虫菊花cDNA文库,可以为今后除虫菊素合成相关基因的研究奠定基础。本研究以除虫菊花为实验材料,经均一化处理,构建了除虫菊花的均一化cDNA文库,随机挑选部分克隆进行EST测序后,进行同源性比较和基因功能分析,得到以下结论:1采用试剂盒柱离心法提取除虫菊花的总RNA,经过1.2%琼脂糖凝胶电泳检测,提取的除虫菊花总RNA有清晰的两条带28S与18S,而且两条带清晰锐利,没有拖尾,说明提取总RNA完整,没有降解。以总RNA为模板,利用SMARTⅣOligonuleotide和CDS-3M adapter为引物,在PowerScript Reverse Transcriptase作用下合成第一链cDNA并且进一步合成双链cDNA,用均一化酶DSN、限制性内切酶sfi I处理后,凝胶回收400 bp以上的片段,浓缩后与载体pDNR-LIB载体连接,电转化转入大肠杆菌,获得除虫菊花cDNA原始文库。原始文库经扩增后,所得扩增文库置于-80℃超低温冰箱中保存。2将得到的原始文库按比例稀释后铺平板并于37℃下过夜培养,计算单菌落数。得出原始文库滴度为2.8×105 pfu/mL,重组率为96%。利用载体的M13引物进行PCR扩增,得到该文库的大部分插入片段大小在0.4-1.3 kb。采用相同的方法测定cDNA扩增文库的滴度约为2.0×109 pfu/mL。3从文库中随机挑取部分克隆,经PCR检测都有外源插入片段。对65个阳性克隆采用T7作为测序引物,从cDNA5’端进行测序,得到61个EST序列,经过比较拼接后有3条序列分别是由2个EST拼接而成,最终得到有效序列58个。4通过BLASTX与NCBI的GeneBank数据库中现有的ESTs进行同源性分析表明,所得的58个ESTs序列中有48(82.3%)个具有同源序列,其中40个序列有明确的功能注释,8个为未知功能基因,有10个(17.2%)ESTs序列未找到同源序列。
贾金龙[5](2007)在《兴凯湖梅花鹿肝脏全长cDNA文库的构建及鉴定》文中研究表明本试验以兴凯湖梅花鹿肝脏组织为研究材料,用Trizol方法提取兴凯湖梅花鹿肝脏组织总RNA,反转录成单链cDNA,长距离PCR方法合成双链cDNA;PCR产物经蛋白酶K水解、纯化后,用SfiI酶切;将酶切产物进行分级分离,回收400bp以上的cDNA组分,并与λTriplEx2载体连接;连接产物经体外蛋白包装,产生原始文库;鉴定文库的滴度和重组效率后,进行文库扩增。随机挑取96个噬菌斑,用载体克隆位点两端的通用引物进行PCR扩增,以检测所构建的cDNA文库的质量。经测定该文库初始滴度为7.9×105 pfu/ml,扩增后滴度为1.06×109 pfu/ml,重组率为88%。插入片段长度为0.3~3.0kb。同时,由于反转录过程中采用附加序列的方法使全长mRNA得到反转录,所以得到的cDNA是完整的,完全符合cDNA文库的要求。本试验成功构建了兴凯湖梅花鹿肝脏组织的cDNA文库。兴凯湖梅花鹿肝脏组织表达型λ噬菌体cDNA文库的成功构建,不仅保存了珍贵的梅花鹿基因资源,而且对于梅花鹿中有明确功能的特异基因的克隆、表达以及新基因的克隆与功能研究奠定了物质基础。
郑明刚[6](2007)在《皱纹盘鲍表达序列标签及免疫相关基因的克隆与表达研究》文中研究指明本论文以皱纹盘鲍为研究对象,构建了其肝、肾组织的cDNA文库,并对文库进行了一定规模的测序。利用EST提示的信息成功克隆了与免疫相关的三个基因,神经肽Y受体、半乳糖凝集素和同种异体移植炎症因子-1。此外,还从EST序列中开发了15个微卫星标记,并利用这些标记对皱纹盘鲍两个养殖群体的多样性进行了分析。现将结果摘要如下:(1)以皱纹盘鲍的肝、肾组织为材料,构建了cDNA文库。经测定,库容为5.24×105 cfu/mL、插入片段大小为0.82.5 Kb。挑取文库中1445个重组克隆进行序列测定,得到了1282条高质量的EST。聚类分析得到了876个基因聚类,同源性对比发现有393个获得了功能提示,占总数的45%,其中与免疫相关的基因聚类有63个。(2)根据EST提供的信息,采用RACE技术成功克隆了神经肽Y受体基因的全长cDNA序列。该序列全长1534 bp,包含一个59 bp的5′-UTR和396 bp的3′-UTR,开放阅读框长1053 bp,编码350个氨基酸。生物信息学分析发现,此NPY受体具有7个α跨膜螺旋,N端在胞外,被糖基化,C端在胞内,被磷酸化,在ILG-NI处有典型的信号肽裂解位点,裂解后释放了一个具有309个氨基酸的成熟多肽。RT-PCR研究显示该NPY受体在不同组织中的表达有明显的差异,用鳗弧菌进行刺激,发现NPY受体在鳃和肝脏中的表达量有明显的上升。(3)成功克隆了半乳糖凝集素(Galectin)的全长cDNA序列。该序列全长2889bp,包含一个84 bp的5′-UTR和1868bp的3′-UTR,开放阅读框长921bp,编码307个氨基酸。生物信息学分析发现Galectin具有两个功能域,与哺乳动物具有很高的同源性。鳗弧菌刺激后,Galectin在肝脏中的增加量最大。不同时间的刺激结果显示,肝脏在12 h表达量达最高,24 h恢复至正常水平。(4)成功克隆了同种异体移植炎症因子-1(AIF-1)的全长序列。该序列全长1302bp,包含一个42 bp的5’-UTR和804 bp的3’-UTR,开放阅读框长456bp,编码151个氨基酸。分析发现该基因具有一个EF-手形功能域,该功能域可以和Ca2+结合而被活化。差异表达显示,皱纹盘鲍AIF-1在鳃和肝脏中都有很高的表达量。不同时间的刺激结果显示,肝脏在8 h后表达量达最高值,24 h恢复至正常水平。(5)通过Tandem repeats finder软件在获得的EST中查找微卫星位点,使用Primer Premier 5.0软件设计了41对引物。试验证明,41对引物中的15对引物可以得到扩增产物且具有多态性。利用这些标记对两个皱纹盘鲍养殖群体的多样性进行了分析,结果显示两群体平均等位基因数为2.0-13.5,平均观测杂和度为0.1635-0.9845,平均期望杂和度为0.317-0.8975。除位点Co119和Ca481外,其余位点都表现出了较高的杂和度和多态性,表明这些位点具有较高的多态信息含量,可以在皱纹盘鲍的群体遗传研究上进行应用。
井鑫[7](2006)在《黄瓜CCH基因的生物信息学及表达分析》文中研究说明铜分子伴侣是结合铜的小蛋白质,并将结合的铜运送到依赖铜的目标蛋白上。铜结合蛋白不仅可以保护细胞免受铜的毒害,而且可以消除超氧化阴离子的毒性。在植物中,已经鉴定出许多铜分子伴侣家族的成员。根据功能的不同,可以分为三种类型:第一种类型是拟南芥CCH基因,与酵母的ATX1同源,参与了铜的运输和活性氧的清除;该基因在RNA水平和蛋白质水平被研究最透彻的植物铜分子伴侣基因。第二种类型的铜分子伴侣为AtCOX17基因,最近从拟南芥中被分离出来,在功能上与酵母的COX17基因同源,也能将铜运输到细胞色素氧化酶分子上,用来修复ROS诱导的电子传递链的中断。第三种类型是从拟南芥基因组中所分离鉴定出的CCS基因,其功能是将铜送至Cu/Zn超氧化物歧化酶。目前该基因番茄和马铃薯中得到克隆。本论文对黄瓜CCH基因的生物信息学进行了分析包括氨基酸序列的比对、进化树分析、蛋白质二级结构预测、跨膜结构及理化性质预测、基因保守序列分析、亚细胞定位预测和蛋白质三维结构的预测;同时通过RT-PCR分析明确该基因在不同组织以及Cu和盐胁迫下的表达特性,该研究为今后进一步研究该基因的功能和调控机制奠定基础。 一、黄瓜CCH基因的生物信息学分析 1 通过BLASTp进行了黄瓜CCH氨基酸序列的比对。 将黄瓜CCH氨基酸序列提交到比对程序中,程序地址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blastp,经过比对,挑选出15个与黄瓜CCH氨基酸序列相似性相对较高的序列。这些序列来源于拟南芥、番茄、马铃薯、水稻、大麦、杨树、车前子、酵母、鱼类、犬类、人类。 2 利用Treeview软件进行了进化树的绘制。 首先将与黄瓜CCH氨基酸序列同源性较高的15个序列输入到clustalx程序中,生成phylip格式文件,用treeview程序进行观看上面生成的文件,即可得到进化树。通过进化树的分析看出黄瓜的CCH基因在亲缘关系上与拟南芥的Cu/Zn过氧化物歧化酶铜分子伴侣最近,其次,是白马铃薯的铜分子伴侣基因,从这一点可以推测,黄瓜CCH基因产物的功能可能侧重于将铜运输到Cu/Zn超氧化物歧化酶。
白文涛[8](2005)在《汉坦病毒受体的筛选及鉴定》文中指出汉坦病毒属布尼亚病毒科,是一种有囊膜的单股负链RNA病毒,基因组分为大(L)、中(M)、小(S)3个节段,分别编码病毒的RNA依赖的RNA聚合酶、囊膜糖蛋白(G1和G2)以及核蛋白(NP)。糖蛋白G1和G2构成了病毒吸附蛋白(VAP)。汉坦病毒主要引起两种急性传染性疾病:一种是以发热、出血、急性肾功能损害和免疫功能紊乱为突出表现的肾综合征出血热(HFRS),另一种是以肺浸润及肺间质水肿,迅速发展为呼吸窘迫、衰竭为特征的汉坦病毒肺综合征(HPS)。我国是世界上HFRS疫情最为严重的国家,年发病人数为5-10万人,临床病情严重,病死率较高。目前,针对汉坦病毒引起的疾病尚无特异性治疗药物,其发病机理尚未最后阐明。 病毒与细胞表面相应受体的结合是病毒感染复制过程中的始动环节,是决定病毒的宿主特异性、组织嗜性及致病性的主要因素之一。因此,汉坦病毒受体的研究有助于阐明其致病机制,为抗病毒治疗和疫苗的研制提供新的方法。 目前汉坦病毒受体的研究已取得长足进展。国外研究表明,β3整合
梅茜[9](2004)在《黄瓜幼果cDNA文库构建与部分ESTs分析》文中研究说明黄瓜(Cucumis sativus L.)原产喜马拉雅山南麓的印度北部地区,是一种世界性的重要蔬菜,为大众喜爱,有很高的营养价值。印度于3000年前开始栽培黄瓜。随着南亚民族的迁移和往来,黄瓜由原产地向东传播到中国南部,东南亚各国及日本等,在我国已有2000多年的栽培历史。黄瓜是喜温但不耐高温的一年生攀缘性草本植物,从播种出苗到采摘的时间较短,是最适合周年生产、均衡供应的一种瓜类。常用的植物遗传育种的原理与方法在提高黄瓜性状方面已失去了原有的优势,即长期通过表型值来估计育种值,使得性状的遗传进展越来越小。随着分子遗传学原理和生物技术方法的发展,从分子水平上对植物的生产性能进行改良有了可能,从而为植物分子育种打下基础。由于种内资源的有限,利用基因工程将是今后黄瓜品种改良中重组远缘有用基因的有效手段。对黄瓜基因进行研究,可为进一步的分子育种打下基础。黄瓜果实是其经济产品器官和食用部位,脆嫩、具有丰富的营养价值,它的生长发育过程、物质合成与积累、外部形态特征和内在品质性状等无不影响其产品器官的产量构成和经济价值。探讨黄瓜果实的生长发育特点,尤其是探讨黄瓜果实生长发育过程中的基因表达与调控方式,可以为今后改良黄瓜的结实习性、促进果实生长、提高经济产量和改善果实品质等方面奠定基础。本实验以黄瓜幼果为实验材料,以λTriplEx2为载体,构建了黄瓜cDNA文库,通过随机挑选部分克隆进行EST测序后,进行网上同源性比较和基因功能分析,得出以下结论: 一、黄瓜(Cucumis sativus L.)cDNA文库的构建 采用上海生工的Trizol试剂盒提取黄瓜的总RNA,1%琼脂糖凝胶电泳的结果显示:提取的黄瓜RNA的28s、18s、5s条带较为清晰,说明mRNA受分解的程度小。西南农业大学硕士学位论文 采用Promega公司的PofyATtrac必mRNA Isolation systemm从RNA中分离提取mRNA,经紫外分光光度计测定,mRNA纯度较高,能够满足实验的需要。 采用s以盯w 011即nucleotide和eosn仍’PeR Primer为引物,在助werscdPt侧Reverse Tn江巧criPtase酶的作用下合成第一链cDNA并进一步合成第二链cDNA,经PCR产物纯化和劝I酶切后用CHROMA SPIN礴00 colulnn柱进行分级分离以去除小于400bP的cDNA片段和一些核糖体RNA,浓缩回收后按比例与载体人TriplExZ(带有劝酶切末端)连接.采用stratagene公司的Gigapack⑧m Gofd一7 packaging extract试剂盒进行包装,获得cDNA文库。 包装产物中加入终浓度为7%的DMSO,分装后置于一80℃保存。二、文库质量的鉴定 将得到的cDNA原始文库按l:10的比例进行稀释,将文库的稀释液与XLI一Blue菌株的感受态细胞混匀,加入0.器的顶层培养基以及IPTG和xgal,倒平板并在37℃下过夜培养,计算噬菌斑数目及蓝白噬菌斑数量。得出噬菌体cDNA文库的滴度为1.165xl咋五刀ml,重组率94.42%。根据载体的多克隆位点,用反oRI和从”dlll进行双酶切,得到该文库的大多数外源插入片段平均大小在50obP以上。采用相同方法测定cDNA扩增文库的滴度约为101。Pfi材inl。三、EST测序 从cDNA文库中随机挑选部分克隆,经及oRI和去打”dlll双酶切鉴定,进行1%琼脂糖凝胶电泳,结果显示:大部分克隆都有外源片段的插入。本实验共测了141个阳性克隆,采用人TriplExZ载体多克隆位点胡IA端的pTrips‘sequenei吧primer(CTcCGAGATcToGAc)作为测序引物,即从。DNA的5‘端进行测序,去掉低质量EST序列后剩余139条,测序成功率为98.58%,全长序列有36条,占25.53%。最长的EsT为706bP,平均长度562.74bp,长度峰度在600bP左右,79.43%的EST长度集中在5007oobPo四、测序结果分析 从分析结果看,EST序列中有部分序列为同一基因。这些序列经clusta1W软件比较后拼接形成一个新的序列。本实验共拼接出22个。139个EST经拼接共获得非重复序列116条,占8145%。经BLASTx与美国国立卫生研究院国家生物信息学研究所(NCBI)的Ge血日出玄 摘要公二二三二二留翻巴巴巴里曰吕曰皿数据库(httP://认四切刃.ncbi.nlm.nih.gov)中现存的ESTs进行同源分析后表明,所得到的139个ESTs序列中有133个在其中可以找到同源序列,其中97条(69.78%)与己知序列高度相似,36条(25.90%)为低度相似序列,在GenBank中未找到匹配同源序列的ESTs为6个 (4.32%)。获得104个(74.82%)己知基因,6个(4.32%)新基因,29个(20.86%)未知基因。在测定的134个ESTs中,核糖体蛋白基因ESTs最多为27个,占测定总数的19.42%。
谢娟,郭刚,梁东春,鲍秋野,刘颖,张镜宇[10](2003)在《糖尿病大鼠瘦素受体OB-Ra表达的研究》文中指出目的 探讨瘦素受体OB RamRNA在糖尿病 (DM)大鼠多个组织中的表达及胰岛素(Ins)分泌减少对其表达的影响。 方法 从大鼠脾组织中提取总RNA ,采用逆转录PCR技术扩增了约 1.4 4kb的OB Ra基因片段 ;以四氧嘧啶诱导DM模型大鼠 ;检测和比较正常和DM大鼠多个组织中OB RamRNA的表达。 结果 OB RamRNA在大鼠体内广泛表达 ,脾、睾丸、腹部白色脂肪(简称脂肪 )及大脑等组织中表达水平较高 ,而心、肺中几乎未见表达 ;DM大鼠的胰腺、脂肪和睾丸等组织OB RamRNA的表达量与正常大鼠相比 ,分别减少了 6 2 %、15 %和 11%。 结论 DM大鼠体内胰腺、脂肪和睾丸等组织中OB RamRNA表达量的降低与Ins分泌减少及由此引起的代谢改变有关
二、改良的一步热酚法及Trizol试剂盒提取组织中RNA的比较(论文开题报告)
(1)论文研究背景及目的
此处内容要求:
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景,再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题,并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例:
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
(2)本文研究方法
调查法:该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法:用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法:通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法:通过调查文献来获得资料,从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法:依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法:对研究对象进行“质”的方面的研究,这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法:通过具体的数字,使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法:运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法:这是社会科学用来分析社会现象的一种方法,从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法:通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、改良的一步热酚法及Trizol试剂盒提取组织中RNA的比较(论文提纲范文)
(1)柳树转录组高通量测序及SSR标记开发研究(论文提纲范文)
致谢 |
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1 柳树分子生物学研究进展 |
1.1 柳树简介 |
1.2 柳树性别鉴定 |
1.3 柳树遗传多样性研究 |
1.4 柳树连锁图谱构建及 QTL 定位 |
1.5 问题及展望 |
2 高通量测序技术研究进展 |
2.1 第二代测序技术简介 |
2.2 第二代测序技术的优缺点 |
2.3 第二代测序技术的应用 |
2.4 问题及展望 |
3 微卫星标记研究进展 |
3.1 SSR 标记简介 |
3.2 SSR 标记在林木中的应用 |
3.3 EST 测序及 SSR 标记开发 |
3.4 问题及展望 |
第二章 柳树转录组测序及生物信息学分析 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
2.1 材料及处理 |
2.2 总 RNA 的提取及检测 |
2.3 测序文库构建 |
2.4 油包水 PCR(Emulsion PCR) |
2.5 454 测序 |
2.6 生物信息学分析 |
3 结果与分析 |
3.1 RNA 的提取及检测 |
3.2 454 转录组测序原始数据统计 |
3.3 转录组数据拼接及统计 |
3.4 柳树 Unigene 功能注释 |
3.5 柳树 Unigene GO 分类 |
3.6 柳树 Unigene KEGG 代谢通路分析 |
3.7 差异基因表达分析及 GO 注释 |
4 讨论 |
4.1 RNA 的提取 |
4.2 转录组测序 |
第三章 柳树 SSR 标记开发 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 植物材料与 DNA 提取 |
2.2 SSR 位点查找软件选择 |
2.3 EST-SSR 位点查找及引物设计 |
2.4 PCR 体系优化及引物筛选 |
2.5 微卫星在编码区域和非编码区域的分布 |
3 结果与分析 |
3.1 DNA 的提取与检测 |
3.2 SSR 位点查找软件选择 |
3.3 EST-SSR 位点统计及引物设计 |
3.4 PCR 产物检测与引物筛选 |
3.5 垂柳和簸箕柳微卫星的分布 |
4 讨论 |
4.1 微卫星重复基元类型、分布特点及频率 |
4.2 EST-SSR 引物筛选 |
4.3 微卫星的在基因组的分布区域及功能 |
第四章 不同树种 EST 序列微卫星比对分析 |
1 引言 |
2 材料和方法 |
2.1 序列来源及微卫星查找 |
2.2 优势重复单元碱基组成及微卫星长度变异分析 |
3 结果与分析 |
3.1 柳树、杨树及桉树经拼接后统计分析 |
3.2 柳树、杨树及桉树 EST-SSR 表达序列微卫星丰度比对分析 |
3.3 柳树、杨树及桉树 EST-SSR 优势重复单元碱基组成 |
3.4 柳树、杨树及桉树中不同长度重复单元微卫星的长度变异情况 |
4 讨论 |
4.1 微卫星含量和主要重复基元 |
4.2 优势重复单元碱基组成情况 |
第五章 柳树 SSR 标记种间通用性检测 |
1 引言 |
2 材料与方法 |
2.1 试验材料 |
2.2 DNA 提取与检测 |
2.3 标记选取 |
2.4 通用性的检测与分析 |
3 结果与分析 |
3.1 DNA 的提取与检测 |
3.2 引物的选取 |
3.3 通用性检测结果统计及分析 |
4 讨论 |
第六章 总结 |
1 主要结论 |
2 问题与不足 |
3 今后研究方向 |
参考文献 |
附录 |
(2)改良热酚法快速提取棉花不同组织RNA(论文提纲范文)
1 材料与方法 |
1.1 材料 |
1.1.1 供试材料。 |
1.1.2 主要试剂。 |
1.2 方法 |
1.2.1 溶液的配制。 |
1.2.2 提取步骤。 |
1.2.3 RNA完整性及纯度检测。 |
2 结果与分析 |
2.1 RNA质量分析 |
2.2 RNA产量和纯度的分析 |
3 讨论 |
(3)葡萄果实着色前后ABA代谢合成关键酶的基因表达分析(论文提纲范文)
中文摘要 |
Abstract |
1 引言 |
1.1 葡萄果实生长发育的研究进展 |
1.2 葡萄果实成熟过程中主要成分的变化 |
1.2.1 葡萄果实中可溶性固形物和糖的变化 |
1.2.1.1 果实中可溶性固形物的变化 |
1.2.1.2 果实中糖的种类和含量变化 |
1.2.2 葡萄果实中的有机酸 |
1.2.2.1 有机酸的种类和分布 |
1.2.2.2 有机酸的代谢 |
1.2.3 葡萄果实中的酚类物质 |
1.2.3.1 酚类物质的作用 |
1.2.3.2 酚类物质的种类和含量 |
1.2.3.3 葡萄成熟过程中酚类物质的变化 |
1.2.3.3.1 总酚和单宁的变化 |
1.2.3.3.2 花色苷的变化 |
1.2.4 果实花青素和花青苷的研究 |
1.2.4.1 花青苷的生物合成途径 |
1.2.4.2 影响花青苷合成的内外因素 |
1.2.4.2.1 花青苷合成与相关酶 |
1.2.4.2.2 花青苷合成与糖 |
1.2.4.2.3 花青苷合成与激素 |
1.2.4.2.4 花青苷合成与光 |
1.2.4.2.5 花青苷合成与温度 |
1.2.4.2.6 花青苷合成与矿质元素 |
1.2.4.3 果实着色的调控技术 |
1.2.4.3.1 选育色素含量高的品种通过品种杂交,选择更符合要求的株系 |
1.2.4.3.2 生产措施 |
1.2.4.3.3 外施调控 |
1.2.4.3.4 应用现代转基因手段 |
1.2.5 果实成熟过程中组织超微结构的变化 |
1.3 脱落酸化学合成与分解代谢 |
1.4 脱落酸的定量分析技术 |
1.4.1 纯化方法 |
1.4.1.1 固相分离技术 |
1.4.1.2 高压液相色谱技术 |
1.4.1.3 免疫亲和色谱技术 |
1.4.2 物理化学分析方法 |
1.4.3 免疫分析技术 |
1.5 研究目的与意义 |
2 材料与方法 |
2.1 试验材料 |
2.2 试验方法 |
2.2.1 葡萄果实生长曲线测定 |
2.2.2 葡萄果实pH值测定 |
2.2.3 葡萄果实可溶性糖测定 |
2.2.4 葡萄果实总酸(酒石酸当量)测定 |
2.2.5 葡萄果实脱落酸含量测定 |
2.2.5.1 GC-MS样品前处理 |
2.2.5.2 GC-MS条件 |
2.2.6 用两种不同浓度的ABA处理葡萄果实 |
2.2.7 四个基因片段的克隆 |
2.2.7.1 葡萄果肉总RNA的提取 |
2.2.7.2 总RNA的纯化 |
2.2.7.3 反转录体系及程序 |
2.2.7.4 目的基因片段的克隆 |
2.2.7.5 目的片段胶回收纯化 |
2.2.7.6 目的片段和测序载体的连接 |
2.2.7.7 重组质粒的转化 |
2.2.7.8 重组质粒的鉴定 |
2.2.7.8.1 质粒DNA的小量提取 |
2.2.7.9 质粒酶切鉴定法 |
2.2.7.10 序列分析 |
2.2.8 四个基因的基因表达量测定 |
2.2.8.1 分别提取并纯化葡萄果肉总RNA |
2.2.8.2 葡萄果肉cDNA第一链合成 |
2.2.8.3 荧光定量的引物合成 |
2.2.8.4 相对荧光定量分析 |
2.2.9 BG基因全长的克隆和生物信息学分析 |
3 结果与分析 |
3.1 葡萄果实生长过程中生理指标的测定 |
3.1.1 葡萄果实生长曲线 |
3.1.2 葡萄果实着色期前后pH值和总酸含量变化 |
3.1.3 葡萄果实着色期前后可溶性糖变化 |
3.1.4 葡萄果实着色期前后脱落酸水平的变化 |
3.1.5 葡萄果实着色期前后糖、酸和ABA变化比较分析 |
3.2 脱落酸对玫瑰香葡萄着色和品质的影响 |
3.2.1 脱落酸对玫瑰香葡萄着色的影响 |
3.2.2 脱落酸对玫瑰香葡萄果实品质的影响 |
3.3 葡萄果实中四个基因片段的克隆 |
3.3.1 葡萄果肉总RNA的提取 |
3.3.2 葡萄NCED基因片段的克隆与分析 |
3.3.3 葡萄CYP基因片段的克隆与分析 |
3.3.4 葡萄GT基因片段的克隆与分析 |
3.3.5 葡萄BG基因片段的克隆与分析 |
3.4 荧光定量PCR的结果 |
3.5 BG基因全长的克隆和生物信息学分析 |
4 讨论 |
4.1 葡萄果实着色期前后糖、酸和ABA变化 |
4.2 脱落酸对葡萄果实着色和果实品质的影响 |
4.3 RNA提取过程中存在的问题 |
4.4 有关荧光定量PCR的问题 |
4.4.1 引物设计 |
4.4.2 荧光定量PCR原理及操作相关问题 |
4.5 葡萄果实着色前后ABA积累关键酶基因VvNCED1和VvBG1转录水平的研究 |
5 结论 |
参考文献 |
致谢 |
攻读学位期间发表论文情况 |
(4)除虫菊花均一化cDNA文库的构建及EST序列分析(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
1 绪论 |
1.1 除虫菊概述 |
1.2 均一化CDNA 文库 |
1.2.1 均一化方法 |
1.2.2 均一化文库的构建方法 |
1.3 EST 技术简介 |
1.3.1 表达序列标签(EST)的概念 |
1.3.2 EST 的应用 |
1.3.3 EST 的不足之处 |
1.4 研究目的及技术路线 |
1.4.1 研究目的 |
1.4.2 技术路线 |
2 除虫菊花均一化CDNA 文库的构建 |
2.1 引言 |
2.2 材料与仪器 |
2.2.1 植物材料 |
2.2.2 菌株 |
2.2.3 主要试剂 |
2.2.4 引物序列 |
2.2.5 培养基 |
2.2.6 主要仪器设备 |
2.3 实验方法 |
2.3.1 除虫菊花的采集与处理 |
2.3.2 除虫菊花总RNA 的提取 |
2.3.3 第一链cDNA 合成 |
2.3.4 cDNA 双链扩增 |
2.3.5 杂交反应 |
2.3.6 DSN 处理 |
2.3.7 均一化后cDNA 扩增 |
2.3.8 SfiⅠ酶切cDNA |
2.3.9 凝胶回收所需的cDNA 片断 |
2.3.10 均一化cDNA 与pDNR-LIB 载体连接 |
2.3.11 电转化感受态细胞的制备 |
2.3.12 电转化大肠杆菌 |
2.3.13 原始文库滴度的测定 |
2.3.14 文库插入片段及重组率的检测 |
2.3.15 文库的扩增与扩增后滴度的测定 |
2.4 结果与分析 |
2.4.1 除虫菊花总RNA 的提取 |
2.4.2 双链cDNA 的合成 |
2.4.3 均一化结果 |
2.4.4 文库的滴度检测 |
2.4.5 文库重组率和插入片段长度的检测 |
2.5 讨论 |
2.5.1 除虫菊花总RNA 的提取 |
2.5.2 双链cDNA 的合成 |
2.5.3 均一化处理 |
2.5.4 分级分离及连接 |
3 EST 序列测定与分析 |
3.1 引言 |
3.2 材料与仪器 |
3.2.1 除虫菊花cDNA 文库 |
3.2.2 试剂和引物 |
3.2.3 主要仪器 |
3.3 实验方法 |
3.3.1 独立克隆的获得 |
3.3.2 EST 序列初步处理 |
3.3.3 EST 序列相似性比较 |
3.4 结果与分析 |
3.4.1 测序结果分析 |
3.4.2 EST 序列相似性比较分析 |
3.4.3 序列的生物学功能分类 |
3.5 讨论 |
4 结论与展望 |
4.1 主要结论 |
4.2 后续工作展望 |
致谢 |
参考文献 |
附录 |
(5)兴凯湖梅花鹿肝脏全长cDNA文库的构建及鉴定(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 引言 |
1.1 鹿类动物简介 |
1.2 兴凯湖梅花鹿的概况 |
1.3 cDNA文库的构建策略及其进展 |
1.4 cDNA文库构建技术在鹿类动物上的应用 |
1.5 构建兴凯湖梅花鹿全长cDNA文库的目的和意义 |
第二章 SMART全长cDNA文库的构建和鉴定 |
2.1 实验材料 |
2.2 主要试剂 |
2.3 溶液配制 |
2.4 主要仪器 |
2.5 实验步骤 |
2.6 实验结果与分析 |
第三章 讨论 |
3.1 构建兴凯湖梅花鹿组织cDNA文库的重大意义 |
3.2 提高RNA代表性和完整性的措施 |
3.3 全长cDNA文库的构建 |
第四章 全文结论 |
参考文献 |
致谢 |
作者简介 |
(6)皱纹盘鲍表达序列标签及免疫相关基因的克隆与表达研究(论文提纲范文)
摘要 |
Abstract |
第一章 文献综述 |
1.1 前言 |
1.2 基因克隆的主要方法 |
1.3 构建cDNA 文库的研究进展 |
1.4 贝类免疫防御体系研究进展 |
1.5 表达序列标签的分析方法及应用 |
1.6 微卫星技术研究进展 |
第二章 皱纹盘鲍肝肾cDNA 文库的构建及表达序列标签的分析 |
1 前言 |
2 材料和方法 |
3 结果 |
4 讨论 |
第三章 皱纹盘鲍神经肽 Y(NPY)受体基因的克隆和表达研究 |
1 前言 |
2 材料与方法 |
3 结果 |
3.1 全长cDNA 的获得 |
3.2 序列特征分析 |
3.3 氨基酸组成分析 |
3.4 跨膜区分析 |
3.5 序列比较和进化分析 |
3.6 差异表达研究 |
4 讨论 |
第四章 皱纹盘鲍半乳糖凝集素(Galectin)基因的克隆和表达研究 |
1 前言 |
2 材料与方法 |
3 结果与分析 |
3.1 全长cDNA 的获得 |
3.2 序列特征分析 |
3.3 预测的Galectin 蛋白特征分析 |
3.4 序列比较和进化分析 |
3.5 差异表达研究 |
4 讨论 |
第五章 皱纹盘鲍同种异体移植炎症因子-1 的克隆及表达分析 |
1 前言 |
2 材料与方法 |
3 结果与分析 |
3.1 全长cDNA 的获得 |
3.2 序列特征分析 |
3.3 氨基酸组成分析 |
3.4 疏水性预测 |
3.5 功能域及基序的查找 |
3.6 序列比较和进化分析 |
3.7 差异表达研究 |
4 讨论 |
第六章 皱纹盘鲍微卫星标记的筛选 |
1 前言 |
2 材料与方法 |
3 结果与分析 |
3.1 微卫星类型分析 |
3.2 初步筛选结果 |
3.3 遗传多样性分析 |
4 讨论 |
参考文献 |
攻读博士学位期间完成的论文 |
致谢 |
(7)黄瓜CCH基因的生物信息学及表达分析(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1.1 铜在植物体内的作用 |
1.2 铜分子伴侣(CCH)基因的研究进展 |
1.3 活性氧(REACTIVE OXYGEN SPECIES,ROS)的作用机制 |
1.4 生物信息学功能简介 |
第二章 引言 |
2.1 研究背景与意义 |
2.2 主要实验内容 |
2.3 实验技术路线 |
第三章 黄瓜CCH基因的生物信息学分析 |
3.1 材料与方法 |
3.2 结果分析 |
3.2.1 黄瓜CCH基因结构的分析 |
3.2.2 黄瓜CCH氨基酸序列的比对结果 |
3.2.3 黄瓜CCH基因进化树的绘制 |
3.2.4 黄瓜CCH蛋白质二级结构预测及理化性质分析结果 |
3.2.5 黄瓜CCH基因保守序列分析图 |
3.2.6 黄瓜CCH蛋白质的亚细胞定位 |
3.2.7 黄瓜CCH蛋白质三级结构预测结果 |
3.3 讨论 |
第四章 黄瓜CCH基因表达分析 |
4.1 材料与方法 |
4.2 结果分析 |
4.2.1 黄瓜CCH基因在组织表达特性 |
4.2.2 Cu处理后黄瓜CCH基因表达的RT-PCR分析 |
4.2.3 NaCl处理后黄瓜CCH基因表达的RT-PCR分析 |
4.3 讨论 |
第五章 结论 |
发表的论文和参与的课题 |
缩写词 |
参考文献 |
致谢 |
(8)汉坦病毒受体的筛选及鉴定(论文提纲范文)
缩略语表 |
中文摘要 |
英文摘要 |
前言 |
文献回顾 |
第一部分 人HUVEC细胞系cDNA酵母表达文库的构建及鉴定 |
1 试验材料 |
2 实验方法 |
3 实验结果 |
4 讨论 |
第二部分 cDNA文库的筛选及阳性克隆的序列分析 |
1 试验材料 |
2 实验方法 |
3 实验结果 |
4 讨论 |
第三部分 β_3整合素与汉坦病毒囊膜糖蛋白相互关系的研究 |
1 试验材料 |
2 实验方法 |
3 实验结果 |
4 讨论 |
小结 |
参考文献 |
个人简历及研究成果 |
致谢 |
(9)黄瓜幼果cDNA文库构建与部分ESTs分析(论文提纲范文)
摘要 |
ABSTRACT |
第一章 文献综述 |
1.1 黄瓜的分类学研究 |
1.2 黄瓜的生物学研究 |
1.3 黄瓜果实生长发育机制初探 |
1.4 cDNA文库构建方法的进展 |
1.4.1 cDNA文库的概念 |
1.4.2 cDNA文库的分类 |
1.4.3 cDNA文库构建的一般方法 |
1.4.4 cDNA文库研究进展 |
1.5 表达序列标签(EST)研究进展 |
1.5.1 表达序列标签概念的提出 |
1.5.2 EST技术的原理和方法 |
1.5.3 EST技术的应用 |
1.5.4 EST技术的不足之处 |
第二章 引言 |
2.1 研究背景与意义 |
2.2 主要实验内容 |
2.3 实验技术路线 |
第三章 黄瓜幼果cDNA文库的构建 |
3.1 材料与方法 |
3.1.1 材料 |
3.1.2 构建cDNA文库的流程图 |
3.1.3 黄瓜幼果cDNA文库的构建方法 |
3.2 结果与分析 |
3.2.1 高质量黄瓜幼果总RNA提取 |
3.2.2 高纯度mRNA的富集 |
3.2.3 高质量黄瓜幼果cDNA文库的获得 |
3.3 讨论 |
第四章 EST序列测定及初步分析 |
4.1 材料与方法 |
4.1.1 材料 |
4.1.2 主要试剂 |
4.1.3 部分试剂配置 |
4.1.4 EST序列的测定 |
4.2 EST数据分析 |
4.2.1 测序结果分析 |
4.2.2 EST序列的拼接和网上比对结果 |
4.3 讨论 |
第五章 结论 |
参考文献 |
附录一 |
附录二 |
缩写词 |
在学期间所发表的文章 |
致谢 |
(10)糖尿病大鼠瘦素受体OB-Ra表达的研究(论文提纲范文)
材料与方法 |
一、材料 |
二、方法 |
1. DM大鼠模型的建立: |
2.总RNA提取: |
3.大鼠OB-Ra基因片段的PCR扩增 |
(1) 引物的设计: |
(2) PCR反应条件: |
(3) PCR扩增产物的鉴定: |
4.光密度扫描测定: |
5.统计学处理: |
结果 |
一、总RNA提取 |
二、大鼠OB-Ra基因片段PCR扩增产物的鉴定 |
三、OB-Ra mRNA在大鼠不同组织中表达水平的比较 |
1.OB-Ra mRNA在正常大鼠组织中的表达: |
2.OB-Ra mRNA在DM大鼠组织中的表达: |
讨论 |
四、改良的一步热酚法及Trizol试剂盒提取组织中RNA的比较(论文参考文献)
- [1]柳树转录组高通量测序及SSR标记开发研究[D]. 郑纪伟. 南京林业大学, 2013(02)
- [2]改良热酚法快速提取棉花不同组织RNA[J]. 司爱君,阮孟斌,谢宗铭. 安徽农业科学, 2012(16)
- [3]葡萄果实着色前后ABA代谢合成关键酶的基因表达分析[D]. 王延书. 山东农业大学, 2011(09)
- [4]除虫菊花均一化cDNA文库的构建及EST序列分析[D]. 边万平. 重庆大学, 2008(06)
- [5]兴凯湖梅花鹿肝脏全长cDNA文库的构建及鉴定[D]. 贾金龙. 中国农业科学院, 2007(06)
- [6]皱纹盘鲍表达序列标签及免疫相关基因的克隆与表达研究[D]. 郑明刚. 中国海洋大学, 2007(04)
- [7]黄瓜CCH基因的生物信息学及表达分析[D]. 井鑫. 西南大学, 2006(11)
- [8]汉坦病毒受体的筛选及鉴定[D]. 白文涛. 第四军医大学, 2005(07)
- [9]黄瓜幼果cDNA文库构建与部分ESTs分析[D]. 梅茜. 西南农业大学, 2004(03)
- [10]糖尿病大鼠瘦素受体OB-Ra表达的研究[J]. 谢娟,郭刚,梁东春,鲍秋野,刘颖,张镜宇. 中国糖尿病杂志, 2003(05)